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J-GLOBAL ID：201902250482629648   整理番号：19A1921957

動原体同定と仮説生成のためのウェーブレットベースのゲノム信号処理【JST・京大機械翻訳】

Wavelet-Based Genomic Signal Processing for Centromere Identification and Hypothesis Generation

著者 (12件)： Weighill Deborah (The Bredesen Center for Interdisciplinary Research and Graduate Education, University of Tennessee, Knoxville, TN, United States) ,  Weighill Deborah (Biosciences Division, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Macaya-Sanz David (Department of Biology, West Virginia University, Morgantown, WV, United States) ,  DiFazio Stephen Paul (Department of Biology, West Virginia University, Morgantown, WV, United States) ,  Joubert Wayne (Oak Ridge Leadership Computing Facility, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Shah Manesh (Biosciences Division, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Schmutz Jeremy (Department of Energy Joint Genome Institute, Walnut Creek, CA, United States) ,  Schmutz Jeremy (HudsonAlpha Institute for Biotechnology, Huntsville, AL, United States) ,  Sreedasyam Avinash (HudsonAlpha Institute for Biotechnology, Huntsville, AL, United States) ,  Tuskan Gerald (Biosciences Division, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Jacobson Daniel (The Bredesen Center for Interdisciplinary Research and Graduate Education, University of Tennessee, Knoxville, TN, United States) ,  Jacobson Daniel (Biosciences Division, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 10  ページ： 487  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Populus trichocarpaに対して種々の「オミクスデータ型」が生成されており,それぞれが染色体を横切る密度シグナルとして表現できる情報の層を提供している。これらの異なるデータシグナルにおけるセントロメアの特徴の包括的解析を行うために,10の異なる組織にわたるメチル化データと同様に,ゲノム配列データを利用し,これらのシグナルからP.trichocarpaにおける推定セントロメア領域を同定することに成功した。さらに,P.trichocarpaの自然個体群にわたるSNP(単一ヌクレオチド多型)相関を用いて,新しく同定された動原体領域の配列と動原体ヒストンCENH3の共進化の証拠を見出し,P.trichocarpaにおける新しいCENH3候補を同定した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ゲノム ,  *信号処理 ,  一塩基多型 ,  ヒストン ,  *波束 ,  個体群 ,  ハコヤナギ属 ,  *仮説生成 ,  染色体 ,  メチル化
準シソーラス用語： 共進化 ,  ゲノム配列 ,  オミックス ,  Populus trichocarpa , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： Populus trichocarpa動原体 ,  ウェーブレット変換 ,  DNAメチル化 ,  SNP密度 ,  CENH3 ,  共進化 ,  データ統合

分類 (4件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  豚  (FD02040U) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

引用文献 (63件)：

• Altschul S. F., Gish W., Miller W., Myers E. W., Lipman D. J. (1990). Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol. 215, 403-410.
• Barnett D. W., Garrison E. K., Quinlan A. R., Strömberg M. P., Marth G. T. (2011). BamTools: a C++ API and toolkit for analyzing and managing BAM files. Bioinformatics 27, 1691-1692. doi: 10.1093/bioinformatics/btr174
• Bekele W. A., Wieckhorst S., Friedt W., Snowdon R. J. (2013). High-throughput genomics in sorghum: from whole-genome resequencing to a snp screening array. Plant Biotechnol. J. 11, 1112-1125. doi: 10.1111/pbi.12106
• Climer S., Templeton A. R., Zhang W. (2014a). Allele-specific network reveals combinatorial interaction that transcends small effects in Psoriasis GWAS. PLoS Comput. Biol. 10:e1003766. doi: 10.1371/journal.pcbi.1003766
• Climer S., Yang W., Fuentes L., Dávila-Román V. G., Gu C. C. (2014b). A custom correlation coefficient (CCC) approach for fast identification of multi-SNP association patterns in genome-wide SNPs data. Genet. Epidemiol. 38, 610-621. doi: 10.1002/gepi.21833

タイトルに関連する用語 (6件)： 動原体 ,  同定 ,  仮説生成 ,  ウェーブレット ,  ゲノム ,  信号処理