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J-GLOBAL ID：201902250936749346   整理番号：19A0646483

次世代シークエンシングによる患者から除去した中心静脈カテーテルからの細菌DNAの検出:予備臨床研究【JST・京大機械翻訳】

Detection of bacterial DNA from central venous catheter removed from patients by next generation sequencing: a preliminary clinical study

著者 (16件)： Okuda Ken-ichi (Department of Bacteriology, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Okuda Ken-ichi (Jikei Center for Biofilm Science and Technology, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Yoshii Yutaka (Department of Bacteriology, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Yoshii Yutaka (Jikei Center for Biofilm Science and Technology, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Yoshii Yutaka (Division of Respiratory Diseases, Department of Internal Medicine, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Yamada Satomi (Department of Bacteriology, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Chiba Akio (Department of Bacteriology, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Chiba Akio (Jikei Center for Biofilm Science and Technology, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Hironaka Ippei (Department of Bacteriology, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Hironaka Ippei (Department of Surgery, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Hori Seiji (Jikei Center for Biofilm Science and Technology, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Hori Seiji (Department of Infectious Disease and Control, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Yanaga Katsuhiko (Jikei Center for Biofilm Science and Technology, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Yanaga Katsuhiko (Department of Surgery, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Mizunoe Yoshimitsu (Department of Bacteriology, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Mizunoe Yoshimitsu (Jikei Center for Biofilm Science and Technology, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan)
資料名： Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials (Web)  (Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials (Web))
巻： 17  号： 1  ページ： 44  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7298A  ISSN： 1476-0711  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： カテーテル関連感染(CRI)は,臨床診療における重大な課題の1つである。この予備的臨床研究は,中心静脈カテーテル(CVC)のチップから直接PCR増幅された16S rDNAを標的とする次世代配列決定(NGS)が培養法と比較してCRIにおける原因病原体を同定するために使用できるかどうかを調べることを目的とした。CVCが除去されている入院患者を前向きに登録し,CRI疑いとルーチンの除去群に分けた。患者由来のCVC試料の超音波処理液からDNAを抽出した。NGSによる細菌組成の分析のために,細菌の16S rDNAのV3-V4フラグメントをPCR増幅し,続いてIllina MiSeq装置上でインデックスPCRとpaired-end配列決定を行った。従来の培養法もCRI疑い群で実施した。156人の登録患者(114人の男性;平均年齢65.6歳)から収集したCVCのうち,合計14人の標本[CRIを疑った31人の患者のうち9人と感染症状のない125人の患者のうち5人(通常の除去群)]はPCR陽性であった。明確なCRIを有する5人の患者において,StaphylococcusはNGS(4/5検体)によって最も頻繁に検出された属であったが,病原体は1つの残りの標本においてNGSによって検出されなかった。NGSによって同定された属は,従来の培養試験からのものと一致した。CRI疑い群におけるNGSと培養法の間には高い一致があり,感度と特異度はそれぞれ80.0%と76.9%であった。一方,NGSの偽陽性率は通常の除去群で4.0%と低かった。さらに,培養試験により同定された属以外のいくつかの属が,明確なCRIおよび外科的部位感染(SSI)を有する各患者において検出された。さらに,SSIを有する1人の患者において,EnterococcaceaeはNGSだけでなく,腹部膿瘍排液培養によっても検出された。16S rDNAを標的とするNGSは,CVC標本の細菌組成を分析し,CRI患者における原因病原体を検出することができ,したがって,CRIの有望な診断ツールとして示唆された。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： PCR法 ,  排水 ,  *DNA【核酸】 ,  ヒト ,  *細菌 ,  ブドウ球菌属 ,  病原体 ,  診断 ,  男性 ,  培養 ,  入院患者 ,  16S rDNA ,  *次世代シークエンシング ,  エンテロコッカス科 ,  *微生物 ,  ミクロコッカス科
準シソーラス用語： Enterococcaceae ,  特異度 ,  診療 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： カテーテル関連感染症 ,  診断 ,  次世代シークエンシング ,  16SリボソームDNA ,  ぶどう球菌

分類 (1件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

引用文献 (35件)：

• Intens Care Med; A state of the art review on optimal practices to prevent, recognize, and manage complications associated with intravascular devices in the critically ill; JF Timsit, M Rupp, E Bouza, V Chopra, T Kärpänen, K Laupland; 44; 2018; 742-759; 10.1007/s00134-018-5212-y; citation_id=CR1
• Infect Dis Clin North Am; Intravascular catheter-related bloodstream infections; ME Rupp, R Karnatak; 32; 2018; 765-787; 10.1016/j.idc.2018.06.002; citation_id=CR2
• JAMA Intern Med.; Economic evaluation of quality improvement interventions for bloodstream infections related to central catheters: a systematic review; TK Nuckols, E Keeler, SC Morton, L Anderson, B Doyle, M Booth; 176; 2016; 1843-1854; 10.1001/jamainternmed.2016.6610; citation_id=CR3
• Lancet Infect Dis.; Catheter-related infections in patients with haematological malignancies: novel preventive and therapeutic strategies; R Zakhour, AM Chaftari, II Raad; 16; 2016; e241-e250; 10.1016/S1473-3099(16)30213-4; citation_id=CR4
• Clin Infect Dis; The clinical importance of microbiological findings in the diagnosis and management of bloodstream infections; H Seifert; 48; 2009; S238-S245; 10.1086/598188; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (6件)： 次世代シークエンシング ,  患者 ,  中心静脈カテーテル ,  細菌DNA ,  臨床 ,  研究