平衡から遠い多カノニカルシミュレーションのための層状UWHAMとその確率近似【JST・京大機械翻訳】

Zhang Bin W.; Deng Nanjie; Tan Zhiqiang; Levy Ronald M.

文献

J-GLOBAL ID：201902251550600716 整理番号：19A0659894

平衡から遠い多カノニカルシミュレーションのための層状UWHAMとその確率近似【JST・京大機械翻訳】

Stratified UWHAM and Its Stochastic Approximation for Multicanonical Simulations Which Are Far from Equilibrium

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資料名：
巻： 13 号： 10 ページ： 4660-4674 発行年： 2017年
JST資料番号： W2328A ISSN： 1549-9618 CODEN： JCTCCE 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

いくつかの状態でのみ交差する自由エネルギー盆地間の障壁のために,並列シミュレーションの部分集合が平衡状態にある場合には,多重正準集合からの自由エネルギーと期待値を計算するために用いることができる新しい解析ツールを記述した。Stratified-UWHAM方程式は,UWHAM方程式の形で得られるが,拡張された状態の集合で得られる。また,計算ボトルネックを除去するために,Stratified-UWHAMに対する確率ソルバ,Stratatized RE-SWHAMを提供した。Stratified-UWHAMとStratatized RE-SWHAMを適用して,3つの試験項目を研究した。すなわち,アラニンジペプチドの自由エネルギー景観,ホスト-ゲスト結合複合体の結合親和性,および二次元二重井戸ポテンシャルの経路サンプリングである。例は,いくつかの並列シミュレーションが局所的に平衡化されるとき,従来のUWHAM(またはMBAR)解によって提供された自由エネルギーと平衡分布の推定はかなりのバイアスを示すが,Stratified-UWHAMとStratatized RE-SWHAMによって提供された推定値はベンチマークと非常によく一致する。最後に,著者らは,最近提案された2つの他の最大尤度ベースの方法に関連して,粗粒度化に基づいているStratified-UWHAMアプローチの特徴について議論する。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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分子・遺伝情報処理 , 計算機シミュレーション

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