水素結合,スタッキング,T字型,およびX-H・・π相互作用に対する分極性双極子-双極子相互作用モデルの改良【JST・京大機械翻訳】

Gao Xi-Chan; Hao Qiang; Wang Chang-Sheng

文献

J-GLOBAL ID：201902251749044031 整理番号：19A0660117

水素結合,スタッキング,T字型,およびX-H・・π相互作用に対する分極性双極子-双極子相互作用モデルの改良【JST・京大機械翻訳】

Improved Polarizable Dipole-Dipole Interaction Model for Hydrogen Bonding, Stacking, T-Shaped, and X-H・・・π Interactions

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資料名：
巻： 13 号： 6 ページ： 2730-2741 発行年： 2017年
JST資料番号： W2328A ISSN： 1549-9618 CODEN： JCTCCE 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

分極性双極子-双極子相互作用モデルを著者らの研究室で定式化し,バイオシステムにおける水素結合を迅速にシミュレートした。本論文では,このモデルを改良し,軌道重なり項を追加し,トレーニング二量体の19のCCSD-(T)/CBS相互作用エネルギー曲線に適合させることにより,積層,T字型,およびX-H・・π相互作用に対してさらにパラメータ化した。著者らのモデルの性能を,水素結合,積層,T字型,およびX-Hの・・π錯体を含む100以上の錯体への応用を通して評価した。124の比較的小さい試験錯体に対して,著者らのモデルは0.08Åの二乗平均平方根偏差(RMSD)をもつベンチマーク平衡分子間距離を再現し,0.64kcal/molのRMSDをもつベンチマーク相互作用エネルギーを再現した。14の大きな非共有結合錯体に対して,このモデルは0.05ÅのRMSDをもつベンチマーク平衡分子間距離を再現し,それは0.80kcal/molのRMSDをもつベンチマーク相互作用エネルギーを再現した。よく知られている非分極性AMBER99力場法により,M06-2XおよびM06-2X-D3法により計算した相互作用エネルギーを,一般的な分極可能AMOEBA力場法および半経験的量子力学(SQM)法により比較した。著者らの統計的評価は,著者らのモデルがAMBER99,AMOEBAおよびSQM法より優れており,M06-2XおよびM06-2X-D3法と同程度に正確であることを示した。要約すると,本研究で開発したモデルは合理的であり,新たに導入した軌道重なり項は非共有相互作用の正確なモデリングに有効である。また,著者らの試験結果は,分極相互作用項が水素結合の評価において重要であり,一方,軌道重なりは短い水素結合,T字型,およびX-H・・π相互作用の検討において重要であることを示した。著者らのモデルは,水素結合,スタッキング,T字型,およびX-Hの・・π相互作用が一般的に重要である生物学的システムをモデル化するための新しいツールとして役立つ可能性がある。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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分子の電子構造 , 分子間相互作用

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