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J-GLOBAL ID：201902253425107566   整理番号：19A2301472

Cytoscape Stringap:プロテオミクスデータのネットワーク解析と可視化【JST・京大機械翻訳】

Cytoscape StringApp: Network Analysis and Visualization of Proteomics Data

著者 (8件)： Doncheva Nadezhda T. (Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research, University of Copenhagen, Denmark) ,  Doncheva Nadezhda T. (Center for Non-Coding RNA in Technology and Health, University of Copenhagen, Denmark) ,  Doncheva Nadezhda T. (Department of Veterinary and Animal Sciences, University of Copenhagen, Denmark) ,  Morris John H. (Resource on Biocomputing, Visualization, and Informatics, University of California, California, United States) ,  Gorodkin Jan (Department of Veterinary and Animal Sciences, University of Copenhagen, Denmark) ,  Gorodkin Jan (Center for Non-Coding RNA in Technology and Health, University of Copenhagen, Denmark) ,  Jensen Lars J. (Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research, University of Copenhagen, Denmark) ,  Jensen Lars J. (Center for Non-Coding RNA in Technology and Health, University of Copenhagen, Denmark)
資料名： Journal of Proteome Research  (Journal of Proteome Research)
巻： 18  号： 2  ページ： 623-632  発行年： 2019年 
JST資料番号： A1632A  ISSN： 1535-3893  CODEN： JPROBS  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質ネットワークは,プロテオミクスおよび他のハイスループット技術から得られる蛋白質または遺伝子のしばしば長いリストを分析し,可視化するための一般的なツールになっている。そのようなネットワークの最も一般的な供給源の一つはSTRINGデータベースであり,実験データからの物理的相互作用とカール経路からの機能的関係,自動テキストマイニング,予測法の両方を含む2000以上の生物に対する蛋白質ネットワークを提供する。しかし,そのウェブインタフェイスは主に小さなネットワークの検査とそれらの基礎となる証拠を意図している。他方では,Cytosscapeソフトウェアは,大規模ネットワークによる作業に非常に適しており,追加データのネットワーク分析,輸入,可視化に関してより大きな柔軟性を提供する。同じワークフローにおける両方の資源を含むために,STRINGネットワークをCytosscapeに導入することを容易にし,STRINGの外観と多くの特徴を保持し,関連データベースからデータを統合することを可能にする,ストリングAppを作成した。本論文では,多くのstringApp特徴を導入し,それらが典型的なプロテオミクスデータセット上で複雑なネットワーク解析と可視化タスクを実行するために使用できることを示した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： Web【情報システム】 ,  相互作用 ,  *ネットワーク ,  タンパク質 ,  *可視化 ,  遺伝子 ,  柔軟性 ,  インタフェイス ,  ワークフロー ,  *プロテオミクス ,  ソフトウェア ,  データベース
準シソーラス用語： テキストマイニング ,  ハイスループット ,  *ネットワーク解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 蛋白質ネットワーク ,  ストリングデータベース ,  細胞骨格 ,  ネットワーク解析 ,  ネットワーク可視化 ,  プロテオミクスデータ ,  機能強化

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  生物学的機能  (EB03040U)

タイトルに関連する用語 (3件)： プロテオミクス ,  ネットワーク解析 ,  可視化