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J-GLOBAL ID：201902253507884188   整理番号：19A1884056

全原子MDはF10治療の化学的摂動RNAアナログにおけるマグネシウム誘導ヘアピンを予測する【JST・京大機械翻訳】

All-Atom MD Predicts Magnesium-Induced Hairpin in Chemically Perturbed RNA Analog of F10 Therapeutic

著者 (4件)： Melvin Ryan L. (Department of Physics, Wake Forest University, North Carolina, United States) ,  Melvin Ryan L. (Department of Mathematics and Statistics, Wake Forest University, North Carolina, United States) ,  Gmeiner William H. (Department of Cancer Biology, Wake Forest University School of Medicine, North Carolina, United States) ,  Salsbury Freddie R. Jr. (Department of Physics, Wake Forest University, North Carolina, United States)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 121  号： 33  ページ： 7803-7812  発行年： 2017年 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： それらのますます頻繁な利用を考えると,癌細胞の死を促進するための治療的核酸を可能にする化学的および構造的性質の理解は医学的進歩にとって重要である。興味のある一つの分子はF10と呼ばれるFdUMP(5-フルオロ-2′-デオキシウリジン-5′-O-一リン酸)の10-merである。構造安定性の原因を調べるために,ホスホジエステル骨格の各リボース糖上の2′酸素を計算的に復元し,FUMP[10]を作成した。150mM MgCl_2存在下でのFUMP[10]のマイクロ秒時間スケール,全原子,シミュレーションにより,鎖は安定ヘアピン様二次構造への折畳みの45%確率を有することを予測した。16μsのデータの分析により,リン酸塩相互作用がこの折畳み状態の安定性に寄与する可能性があることを明らかにした。ポリdTとポリUシミュレーションとの比較により,FUMP[10]の最低次構造が類似の核酸鎖よりも1~2桁長いことを予測した。ここでは,FUMP[10]の予測構造の簡単な構造および立体配座解析を提供し,F10,ポリdTおよびポリUとの比較により,その安定性への洞察を示唆した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 計算機シミュレーション ,  *摂動 ,  リン酸塩 ,  シミュレーション ,  腫瘍細胞 ,  ヒト ,  折畳み ,  リン酸 ,  相互作用 ,  *治療法 ,  二次構造 ,  ポリUMP ,  *アナログ系 ,  死 ,  *RNA【核酸】 ,  *予測
準シソーラス用語： 構造安定性 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (10件)： 原子 ,  Md ,  治療 ,  化学 ,  摂動 ,  RNA ,  アナログ ,  マグネシウム ,  誘導 ,  予測