メッセージ通過インタフェイス(MPI),ハイブリッドMPI/オープン多重処理および自己無撞着場加速器実装による半経験的QM/MM法の加速【JST・京大機械翻訳】

Ojeda-May Pedro; Ojeda-May Pedro; Nam Kwangho; Nam Kwangho

文献

J-GLOBAL ID：201902253510032529 整理番号：19A0660184

メッセージ通過インタフェイス(MPI),ハイブリッドMPI/オープン多重処理および自己無撞着場加速器実装による半経験的QM/MM法の加速【JST・京大機械翻訳】

Acceleration of Semiempirical QM/MM Methods through Message Passage Interface (MPI), Hybrid MPI/Open Multiprocessing, and Self-Consistent Field Accelerator Implementations

出版者サイト複写サービスで全文入手 {{ this.onShowCLink("http://jdream3.com/copy/?sid=JGLOBAL&noSystem=1&documentNoArray=19A0660184&COPY=1") }}
高度な検索・分析はJDreamⅢで {{ this.onShowJLink("http://jdream3.com/lp/jglobal/index.html?docNo=19A0660184&from=J-GLOBAL&jstjournalNo=W2328A") }}

著者 (4件)： , , ,
資料名：
巻： 13 号： 8 ページ： 3525-3536 発行年： 2017年
JST資料番号： W2328A ISSN： 1549-9618 CODEN： JCTCCE 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

CHARMMにおけるスケーラブルで効率的な半経験的(SE)QM/MM法の戦略と実行を記述した。最初に,並列化を必要とするルーチンを同定するために,コードの連続バージョンをプロファイリングした。その後,コードを並列化し,3つのアプローチで加速した。第一のアプローチは,CHARMMメッセージ通過インタフェイス(MPI)機械を用いて,Fock行列対角化ルーチンを含む全QM/MMルーチンの並列化である。第二のアプローチでは,SCF法におけるそれらの外挿のためのターゲットとして密度とFock行列を用いて,二つの異なる自己無撞着場(SCF)エネルギー収束加速器を実装した。第3のアプローチでは,全QM/MMとMMエネルギールーチンを,タスクとループレベル並列化戦略の両方が異なるOpenMPスレッド間の負荷をバランスさせるために採用されたハイブリッドMPI/オープン多重処理(OpenMP)モデルを実装することにより加速した。この実施を,水中での2つの溶媒和酵素系(<100QM原子を含む)とS_N_2対称反応について試験した。MPIバージョンはCHARMMにおける既存のSE QM法を超えており,SCC-DFTBとSQUANTUM法を少なくとも4倍含んでいる。SCF収束加速器の使用は,QM領域のサイズと用いたCPUコアの数に依存して,さらにコードを約12~35%加速した。MPIバージョンは良好なスケーラビリティを示したが,ノード間のMPI通信に関連したオーバーヘッドにより,多数のMPIプロセスに対して性能は低下した。この問題は,ハイブリッドMPI/OpenMPアプローチによって部分的に克服され,より多くのCPUコア(テストシステムにおいて64CPUまで)に対してより良いスケーラビリティを示した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

, , , , , , , , , , , ,
, , , 【Automatic Indexing@JST】

分子の電子構造

, , , , , , , , , ,

前のページに戻る