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J-GLOBAL ID：201902255294377834   整理番号：19A2220868

臨床メタゲノミクスにより評価したNeisseria meningitidisによる市中感染性心内膜炎の稀な症例【JST・京大機械翻訳】

Rare Case of Community-Acquired Endocarditis Caused by Neisseria meningitidis Assessed by Clinical Metagenomics

著者 (12件)： Choutko Vassili (Service of General Internal Medicine, Geneva University Hospitals (HUG), Geneva, Switzerland) ,  Lazarevic Vladimir (Genomic Research Laboratory, Service of Infectious Diseases, Geneva University Hospitals, Geneva University, Geneva, Switzerland) ,  Gaiea Nadia (Genomic Research Laboratory, Service of Infectious Diseases, Geneva University Hospitals, Geneva University, Geneva, Switzerland) ,  Girard Myriam (Genomic Research Laboratory, Service of Infectious Diseases, Geneva University Hospitals, Geneva University, Geneva, Switzerland) ,  Renzi Gesuele (Bacteriology Laboratory, Service of Laboratory Medicine, Geneva University Hospitals, Geneva, Switzerland) ,  Renzi Gesuele (Service of Laboratory Medicine, National Reference Center on Meningococci, Geneva University Hospitals, Geneva, Switzerland) ,  Leo Stefano (Genomic Research Laboratory, Service of Infectious Diseases, Geneva University Hospitals, Geneva University, Geneva, Switzerland) ,  Keller Peter M. (Institute for Infectious Diseases, University of Bern, Bern, Switzerland) ,  Huber Christoph (Department of Cardiovascular Surgery, Geneva University Hospitals, Geneva, Switzerland) ,  Schrenzel Jacques (Genomic Research Laboratory, Service of Infectious Diseases, Geneva University Hospitals, Geneva University, Geneva, Switzerland) ,  Schrenzel Jacques (Bacteriology Laboratory, Service of Laboratory Medicine, Geneva University Hospitals, Geneva, Switzerland) ,  Schrenzel Jacques (Service of Laboratory Medicine, National Reference Center on Meningococci, Geneva University Hospitals, Geneva, Switzerland)
資料名： Frontiers in Cardiovascular Medicine (Web)  (Frontiers in Cardiovascular Medicine (Web))
巻： 6  ページ： 112  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7061A  ISSN： 2297-055X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 感染性心内膜炎(IE)の最も一般的な原因は,Staphylococcus,Streptococcus,EnterococcusおよびHACEK関連生物である。IE症例の15~30%において,標準血液培養は滅菌のままである。全メタゲノムショットガン配列決定(WMGS)により血液培養陰性IEの原因因子を同定することを目的とした。症例は54歳女性で,全身倦怠感による市中肺炎と診断され,呼吸困難,咳そう,発熱を主訴とした。患者の血液培養は繰り返し陰性であった。経食道心エコーと経胸壁心エコーは,大動脈弁の左冠尖にエコー密度を示し,徴候は,大動脈-大動脈接合部の破裂膿瘍を示唆した。患者は機械的人工弁による半緊急大動脈弁置換術を受けた。外科的に除去した新鮮な弁組織からDNAを抽出した。抽出手順は細菌/菌類DNA濃縮法を含んだ。バルブDNA抽出物から調製したNextera XTライブラリーを,Illina MiSeq装置上で配列決定した(2×250)。配列読み取りは,細菌ゲノム配列,16S rRNA遺伝子およびクラス特異的分類学的マーカーに対してマップされた。細菌に分類された103,136の配列決定の大部分は,Neisseria meningitidisに割り当てられた。これらのデータと一致して,クレード特異的および16S rRNA遺伝子マーカーに対する読み取りのマッピングは,最も代表的な種としてN.meningitidisを明らかにした。集合したメタゲノム断片は,N.meningitidisによる最良の平均ヌクレオチド同一性(ANI)を有した。参照対立遺伝子に対する集合コンティグの比較は,この株がST-41/44複合体に属することを示した。N.meningitidisは一般的に髄膜炎および/または敗血症と関連しているが,IEの原因物質として無視すべきではなく,抗生物質の導入により非常に稀になった。著者らのデータは,WMGSがIEの診断を強化し,病原体のドラフトゲノム配列とタイピング情報を得るための診断手順として使用できることを示す。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 大動脈 ,  診断 ,  DNA【核酸】 ,  ぶどう球菌属 ,  敗血症 ,  対立遺伝子 ,  病原体 ,  *髄膜炎菌 ,  Enterococcus ,  抗生物質 ,  連鎖球菌属 ,  培養 ,  呼吸困難 ,  女性 ,  ヒト ,  細菌感染症
準シソーラス用語： メタゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 次世代シークエンシング ,  心臓弁 ,  心内膜炎 ,  培養陰性感染 ,  臨床メタゲノミクス ,  Neisseria meningitidis

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (25件)：

• Fournier P-E, Gouriet F, Casalta J-P, Lepidi H, Chaudet H, Thuny F, et al. Blood culture-negative endocarditis: improving the diagnostic yield using new diagnostic tools. Medicine. (2017) 96:e8392. doi: 10.1097/md.0000000000008392
• Chambers ST, Murdoch D, Morris A, Holland D, Pappas P, Almela M, et al. HACEK infective endocarditis: characteristics and outcomes from a large, multi-national cohort. PLoS ONE. (2013) 8:e63181. doi: 10.1371/journal.pone.0063181
• Lamas CC, Eykyn SJ. Blood culture negative endocarditis: analysis of 63 cases presenting over 25 years. Heart. (2003) 89:258-62. doi: 10.1136/heart.89.3.258
• Brouqui P, Raoult D. Endocarditis due to rare and fastidious bacteria. Clin Microbiol Rev. (2001) 14:177-207. doi: 10.1128/cmr.14.1.177-207.2001
• Habib G, Lancellotti P, Antunes MJ, Bongiorni MG, Casalta J-P, Del Zotti F, et al. 2015 ESC Guidelines for the management of infective endocarditisThe Task Force for the Management of Infective Endocarditis of the European Society of Cardiology (ESC) endorsed by: European Association for Cardio-Thoracic Surgery (EACTS), the European Association of Nuclear Medicine (EANM). Eur Heart J. (2015) 36:3075-128. doi: 10.1093/eurheartj/ehv319

タイトルに関連する用語 (6件)： 臨床 ,  メタゲノミクス ,  評価 ,  Neisseria ,  感染性心内膜炎 ,  症例