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J-GLOBAL ID：201902256081603731   整理番号：19A2676112

非特異的増幅はCOIによる環境DNAメタバーコーディングを損なう【JST・京大機械翻訳】

Non-specific amplification compromises environmental DNA metabarcoding with COI

著者 (12件)： Collins Rupert A. (School of Biological Sciences, University of Bristol, Bristol, UK) ,  Bakker Judith (Department of Biological Sciences, Florida International University, Miami, FL, USA) ,  Bakker Judith (Ecosystems & Environment Research Centre, School of Environment & Life Sciences, University of Salford, Salford, UK) ,  Wangensteen Owen S. (Ecosystems & Environment Research Centre, School of Environment & Life Sciences, University of Salford, Salford, UK) ,  Wangensteen Owen S. (Norwegian College of Fishery Science, UiT The Arctic University of Norway, Tromso, Norway) ,  Soto Ana Z. (Ecosystems & Environment Research Centre, School of Environment & Life Sciences, University of Salford, Salford, UK) ,  Corrigan Laura (Environment Agency, Tyneside House, Newcastle upon Tyne, UK) ,  Sims David W. (The Laboratory, Marine Biological Association of the United Kingdom, Plymouth, UK) ,  Sims David W. (Ocean and Earth Science, National Oceanography Centre Southampton, University of Southampton, Southampton, UK) ,  Genner Martin J. (School of Biological Sciences, University of Bristol, Bristol, UK) ,  Mariani Stefano (Ecosystems & Environment Research Centre, School of Environment & Life Sciences, University of Salford, Salford, UK) ,  Mariani Stefano (School of Natural Sciences & Psychology, Liverpool John Moores University, Liverpool, UK)
資料名： Methods in Ecology and Evolution  (Methods in Ecology and Evolution)
巻： 10  号： 11  ページ： 1985-2001  発行年： 2019年 
JST資料番号： W2682A  ISSN： 2041-210X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 環境試料から組織外DNAをコード化することは,現在,水生生物モニタリングと生態系健康評価における重要な技術である。実験を設計するとき,特にコミュニティ標準と法制フレームワークを開発するとき,重要な考慮事項は,遺伝的マーカーとプライマーセットの選択である。ミトコンドリアチトクロームcオキシダーゼサブユニットI(COI)は,動物に対する標準DNAバーコードマーカーであり,その広範な参照ライブラリー,分類学的識別力および予測可能な配列変動を有し,多くの代謝コード化応用のための自然選択である。しかし,環境試料における特定の分類学的グループを標的とするために,COIの有用性はまだ十分に精査されていない。ここでは,ブリティッシュス島の海洋および淡水魚の事例研究を用いて,参照ライブラリー被覆率,分類学的識別力およびプライマー普遍性の観点から,4つのミトコンドリア遺伝子座-COI,チトクロームb,12Sおよび16Sからの12プライマー対のin silico性能を定量化した。その後,in vitroでの4つのプライマー対-3つのCOIと1つの12S-を,それらの特異性,再現性,および英語チャネルと北海周辺の5つの河口と沿岸サイトにおける従来の調査方法から得られた独立データセットとの一致について試験した。著者らの結果は,低い鋳型濃度での水性外組織DNAに対して,後生動物標的化およびフィッシュターゲット化COIプライマーの両方が12Sと比較してほとんど機能せず,原核生物および非標的真核生物DNAの非特異的増幅により再現性が低いことを示した。理想的なメタコードは,生物多様性の広範な評価,あるいは分類学的調査のいずれかに対して,カスタムプライマーを設計できる広範な参照ライブラリーを持つであろう。このようなデータベースはCOIに利用可能であるが,低いプライマー特異性は実際の応用を妨げるが,逆に12Sプライマーは高い特異性を提供するが,適切な参照を欠いている。しかしながら,後者はDNAバーコードの概念を拡張することにより緩和され,ゲノムスキミングの存在する組織コレクションにより生成される全ミトコンドリアゲノムを含む。Copyright 2019 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 原核生物 ,  真核生物 ,  チトクロームb ,  動物 ,  再現性 ,  事例研究 ,  データベース ,  *DNA【核酸】 ,  ターゲティング ,  生態系 ,  生物多様性 ,  ミトコンドリア ,  海洋
準シソーラス用語： 特異性 ,  分類学 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 12S ,  COI ,  EDNA ,  環境DNA ,  メタバーコーディング ,  プライマー設計

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (4件)： 増幅 ,  COI ,  環境DNA ,  メタバーコーディング