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J-GLOBAL ID：201902256176068364   整理番号：19A0996021

廃水試料中の超可変領域4の16S次世代シークエンシングの評価:細菌腸内病原菌同定のための適切なアプローチ【JST・京大機械翻訳】

Evaluation of 16S next-generation sequencing of hypervariable region 4 in wastewater samples: An unsuitable approach for bacterial enteric pathogen identification

著者 (10件)： Greay Telleasha L. (Vector and Waterborne Pathogens Research Group, School of Veterinary and Life Sciences, Murdoch University, Perth, Western Australia, Australia) ,  Greay Telleasha L. (Western Australian State Agricultural Biotechnology Centre, Murdoch University, Perth, Western Australia, Australia) ,  Gofton Alexander W. (Vector and Waterborne Pathogens Research Group, School of Veterinary and Life Sciences, Murdoch University, Perth, Western Australia, Australia) ,  Zahedi Alireza (Vector and Waterborne Pathogens Research Group, School of Veterinary and Life Sciences, Murdoch University, Perth, Western Australia, Australia) ,  Zahedi Alireza (Western Australian State Agricultural Biotechnology Centre, Murdoch University, Perth, Western Australia, Australia) ,  Paparini Andrea (Vector and Waterborne Pathogens Research Group, School of Veterinary and Life Sciences, Murdoch University, Perth, Western Australia, Australia) ,  Linge Kathryn L. (Curtin Water Quality Research Centre, Chemistry, School of Molecular and Life Sciences, Curtin University, GPO Box U1987, Perth, Australia) ,  Linge Kathryn L. (ChemCentre, P.O. Box 1250, Perth, Western Australia, Australia) ,  Joll Cynthia A. (Curtin Water Quality Research Centre, Chemistry, School of Molecular and Life Sciences, Curtin University, GPO Box U1987, Perth, Australia) ,  Ryan Una M. (Vector and Waterborne Pathogens Research Group, School of Veterinary and Life Sciences, Murdoch University, Perth, Western Australia, Australia)
資料名： Science of the Total Environment  (Science of the Total Environment)
巻： 670  ページ： 1111-1124  発行年： 2019年 
JST資料番号： C0501B  ISSN： 0048-9697  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： リサイクル廃水はヒト感染性微生物病原体を運ぶことができ,したがって,廃水処理戦略は,リサイクル廃水が飲料水および農業用水供給を補うために使用される前に,効果的に病原体を除去しなければならない。本研究では,西オーストラリアにおける4つの廃水処理施設(WWTPs)(3つの廃棄物安定池と活性汚泥処理を用いた1つの酸化溝WWTP)の細菌組成を特性化した。細菌16S rRNA(16S)遺伝子の超可変領域4(V4)を,Illina MiSeqプラットフォーム上で次世代配列決定(NGS)を用いて配列決定した。配列をUSEARCH v10.0で前処理し,UNOISE3でゼロ半径分類単位(ZOTUs)に表示した。分類学はQIIME2とグリーン遺伝子データベースを用いてZOTUsに割り当てられ,NCBInr/ntデータベースとクロスチェックされた。すべてのWWTPsおよび処理段階(流入水,中間および流出液)の細菌組成は,Proteobacteria(29.0~87.4%),特にBethaproteobacteria(9.0~53.5%)およびGammaproteobacteria(8.6~4.6%)によって支配された。硝化細菌(Nitrospira spp.)は,酸化溝WWTPの中間および流出液においてのみ見出され,脱窒およびフロック形成細菌は,すべてのWWTPsにおいて,特にComamonadaceaeおよびRhodocyclalesから検出された。12の病原体をグリーン遺伝子データベースによって分類した。しかし,NCBInr/ntデータベースに病原体を含むことが知られている属と家族からの配列の比較は,3つの病原体(Arcobacter Ven噴火,Laribacter hongkongensisおよびNeisseria canis)のみがV4領域のデータセットで同定できることを示した。重要なことに,Enterobacteriaceae属は分化できなかった。グリーン遺伝子データベースにより帰属されたファミリーレベル分類群はほとんどの場合にNCBInr/ntと一致したが,BLAST分析はグリーン遺伝子データベースにおける誤った分類群を明らかにした。本研究は,NCBInr/ntのようなデータベースによるNGS配列の分類を検証することの重要性を強調し,細菌腸内病原体を同定することを目的とした将来の短アンプリコンNGS研究における16SのV3領域を含む推奨を強調した。Copyright 2019 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： リサイクル ,  ヒト ,  廃水処理施設 ,  酸化 ,  キャラクタリゼーション ,  rRNA ,  腸内細菌科 ,  廃水処理 ,  データベース ,  *廃水 ,  遺伝子 ,  *細菌 ,  病原体 ,  脱窒
準シソーラス用語： アンプリコン , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 廃水 ,  次世代シークエンシング ,  16S rRNA ,  V4 ,  グリーン遺伝子 ,  Enterobacteri

分類 (1件)： 水質汚濁一般  (SB02010U)

タイトルに関連する用語 (8件)： 水試料 ,  可変領域 ,  次世代シークエンシング ,  評価 ,  細菌 ,  腸 ,  病原菌 ,  同定