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J-GLOBAL ID：201902256565824863   整理番号：19A0375873

構成種混合物を用いた花粉DNAメタバーコーディングの定量的および定性的評価【JST・京大機械翻訳】

Quantitative and qualitative assessment of pollen DNA metabarcoding using constructed species mixtures

著者 (6件)： Bell Karen L. (Department of Environmental Sciences, Emory University, Atlanta, Georgia) ,  Burgess Kevin S. (Columbus State University, Department of Biology, Columbus, Georgia) ,  Botsch Jamieson C. (Department of Environmental Sciences, Emory University, Atlanta, Georgia) ,  Dobbs Emily K. (Department of Environmental Sciences, Emory University, Atlanta, Georgia) ,  Read Timothy D. (Division of Infectious Diseases, Department of Human Genetics, School of Medicine, Emory University, Atlanta, Georgia) ,  Brosi Berry J. (Department of Environmental Sciences, Emory University, Atlanta, Georgia)
資料名： Molecular Ecology  (Molecular Ecology)
巻： 28  号： 2  ページ： 431-455  発行年： 2019年 
JST資料番号： W2684A  ISSN： 0962-1083  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 潜在的に混合種花粉試料の花粉DNA代謝マーカーに基づく遺伝的同定は,様々な分野にわたる応用がある。標準DNAバーコードマーカーを用いた基本的な種レベルの花粉同定を確立したが,メタコード化(a)が混合(定性的マッチング)に対する種の同一性を正確に割り当て,(b)これらが既知の標準に対して評価されていないので,それらの相対存在量に比例して配列を生成する。著者らは,種の豊富さ(1~9種),分類学的関連性(クラス内の属内)および希少性(穀粒の5%~100%)において変化する構築花粉混合物における代謝コード化の定量的および定性的ロバスト性を,マーカーrbcLおよびITS2を用いたIllina MiSeqを用いて試験した。定性的には,種組成の決定は大きく正しかったが,偽陽性と陰性が生じた。偽陰性は,典型的には,サンプルにおけるバーコードギャップまたはラリティの欠如により駆動された。しかし,種の豊富さと分類学的関連性は正確な決定に強く影響しなかった。偽陽性は,バイオインフォマティクスパイプラインによる汚染,キメラ配列および/または誤同定により駆動される可能性があった。定量的には,いくつかの他の研究からの示唆とは対照的に,各種に対する読み取りの割合はその相対存在量とわずかに相関していた。定量的不整合は,一貫したスケーリング因子によって補正できないが,代わりに,サンプル中に存在する他の種に依存する。まとめると,著者らの結果は,代謝コード化が花粉の存在/不在を決定するために非常にロバストであるが,配列の読み取りは花粉粒の相対的存在量を推定するために使用されなければならないことを示している。Copyright 2019 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝 ,  バーコード ,  代謝 ,  *定性分析 ,  マッチング ,  *花粉 ,  キメラ ,  ロバスト性 ,  *DNA【核酸】 ,  不整合
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  誤検出 ,  種豊富度 ,  *バーコーディング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 増幅バイアス ,  コピー数バイアス ,  DNA抽出バイアス ,  DNAメタバーコーディング ,  花粉DNAバーコーディング ,  定量的DNAメタバーコーディング

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  果樹  (FC03042G)

タイトルに関連する用語 (6件)： 混合物 ,  花粉 ,  DNA ,  メタバーコーディング ,  定量 ,  定性的評価