文献

J-GLOBAL ID：201902258170307908   整理番号：19A1884373

自由エネルギーシミュレーションにより研究した二本鎖DNAの巻戻し誘起融解【JST・京大機械翻訳】

Unwinding Induced Melting of Double-Stranded DNA Studied by Free Energy Simulations

著者 (2件)： Liebl Korbinian (Physik-Department T38, Technische Universitaet Muenchen, Germany) ,  Zacharias Martin (Physik-Department T38, Technische Universitaet Muenchen, Germany)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 121  号： 49  ページ： 11019-11030  発行年： 2017年 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNA巻き戻しは複製,転写及び修復のような多くの生物学的過程において主要な役割を果たす。それは局所融解と鎖分離をもたらし,二本鎖DNAの分離鎖へのアクセスを促進する重要な機構として役立つ。DNA巻き戻しは,DNA環化およびkil塩基対の長さスケールに関する単一分子研究により広範囲に研究されているが,塩基対レベルおよび分子相互作用レベルでは完全には理解されていない。分子動力学自由エネルギーシミュレーションの間にDNAオリゴヌクレオチドの末端に作用するトルクを用いることにより,弾性(調和)領域を超えてDNAの中心部分を局所的に非風にした。シミュレーションにより,調和領域(ねじれの変化に関してほとんど二次自由エネルギー変化によって特徴付けられる)におけるねじれ弾性に関する実験結果を再現し,7°までの変形が調和応答の限界として見出された。この限界を超えると,ねじれ変化当たりの自由エネルギー増加は,局所塩基対破壊と核酸骨格構造の著しい変形に劇的に結合した。DNA曲げ柔軟性の制限は,より剛な調和応答と非調和応答のより早い開始をもたらした。ATに富む中心セグメントの場合には塩基対の完全な破壊とヌクレオチドのフリップを伴う局所融解が観察されたが,GCに富むセグメントの場合には積層配置の変化が観察された。50~300nsのシミュレーション時間後に,局所的に融解したDNAから始まる非拘束MDシミュレーションは規則的B-DNAを改良した。シミュレーションは,有意な構造変化と結合したDNA認識過程を理解するために重要な意味を持つ可能性がある。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： トルク ,  *シミュレーション ,  分子動力学 ,  ヌクレオチド ,  柔軟性 ,  分子間相互作用 ,  *自由エネルギー ,  塩基対 ,  ねじり変形 ,  環化反応 ,  *DNA【核酸】 ,  オリゴヌクレオチド ,  弾性 ,  *巻戻し
準シソーラス用語： *二本鎖DNA , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (6件)： エネルギーシミュレーション ,  研究 ,  二本鎖DNA ,  巻戻し ,  誘起 ,  融解