小蛋白質GB1とLB1の折畳み機構の探索【JST・京大機械翻訳】

Cheng Qianyi; Cheng Qianyi; Joung InSuk; Joung InSuk; Lee Juyong; Kuwajima Kunihiro; Kuwajima Kunihiro; Lee Jooyoung; Lee Jooyoung

文献

J-GLOBAL ID：201902258354158212 整理番号：19A2365974

小蛋白質GB1とLB1の折畳み機構の探索【JST・京大機械翻訳】

Exploring the Folding Mechanism of Small Proteins GB1 and LB1

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資料名：
巻： 15 号： 6 ページ： 3432-3449 発行年： 2019年
JST資料番号： W2328A ISSN： 1549-9618 CODEN： JCTCCE 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

蛋白質G及び蛋白質LのB1ドメイン,GB1及びLB1の折畳み反応の計算的原子論的記述は,それぞれ,現在の蛋白質折畳み研究における重要な課題である。2つの蛋白質は全体的に非常に類似した骨格構造(βヘアピンαヘリックス-βヘアピン)を有していたが,実験的に観察されたそれらの見かけの折畳み挙動は著しく異なっていた。LB1は単一指数速度論により2状態様式で折畳まれるが,GB1は折畳み経路に存在する初期段階中間体とより複雑な様式で折畳まれる。ここでは,GB1とLB1の折畳み機構を調べるために,全原子分子動力学シミュレーションの新しい方法を用いた。天然構造から誘導されたLorentzエネルギー項を用いて,両蛋白質に対する高温(GB1に対する414KまたはLB1に対する393K)でのシミュレーションにおいて,頻繁な折畳みおよび非折畳み事象を観察することに成功した。高温でのGB1およびLB1折畳みに対して,それぞれ3つおよび2つの遷移状態構造が予測された。GB1の3つの遷移状態構造のうちの2つは,より良く形成された第2のβヘアピンを持っている。LB1遷移状態の1つは,より良く形成された最初のヘアピンを有し,他の1つは,等しく形成されたヘアピンの両方を有していた。これらの遷移状態の構造的特徴は実験的遷移状態解析と良く一致した。300Kで,両蛋白質のシミュレーションでより複雑な折畳み過程が観察された。いくつかの中間構造が2つの蛋白質に対して予測され,両方の蛋白質が類似の機構を通して折畳まれたという結論を導いた。しかし,中間状態はGB1折畳みにおいてのみ十分な量で蓄積し,その折畳み速度論の二重指数関数的特徴をもたらした。一方,LB1折畳み速度は単一指数関数に良く適合した。これらの結果は以前に実験的に観測されたものと完全に一致した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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分子構造 , 計算機シミュレーション

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