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J-GLOBAL ID：201902260154549719   整理番号：19A0659933

単純で効率的な蛋白質構造精密化法【JST・京大機械翻訳】

A Simple and Efficient Protein Structure Refinement Method

著者 (3件)： Cheng Qianyi (Center for In Silico Protein Science, School of Computational Sciences, Korea Institute for Advanced Study, Korea) ,  Joung InSuk (Center for In Silico Protein Science, School of Computational Sciences, Korea Institute for Advanced Study, Korea) ,  Lee Jooyoung (Center for In Silico Protein Science, School of Computational Sciences, Korea Institute for Advanced Study, Korea)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 13  号： 10  ページ： 5146-5162  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 与えられた蛋白質構造の質を改善することは,正確な蛋白質構造予測のための最終的な解決策として役立つことができ,そのような方法を探索することは,現在,計算構造生物学における難問である。このような努力を促進し奨励するために,CASP(構造予測の臨界評価)は,与えられた構造から生成された適切な制約を持つ広範な(約ミリ秒)MDシミュレーションを行うことにより,系統的な蛋白質構造精密化が可能であると報告された理想的な計算実験プラットホームを提供している。明示的な溶媒モデルを用いて,以前にエクセルギー化されたよりも,位置と距離の制約を大幅に低減することにより,一連の短い(5ns)MDシミュレーションとエネルギー最小化手順を組み合わせた精密化プロトコルを提案した。54のCASP8-10精密化目標と34のCASP11精密化目標に関する試験とベンチマーキングは,非常に有望な結果を示した。MDシミュレーション段階(ナノ秒対ミリ秒)の小画分のみを用いて,系統的蛋白質構造精密化を本研究で実証し,与えられたモデルの精密化が数時間のデスクトップ計算を用いて達成できることを示した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ナノ秒 ,  *タンパク質 ,  計算機シミュレーション ,  *精密化 ,  臨界 ,  シミュレーション ,  モデル
準シソーラス用語： デスクトップ ,  ベンチマーキング ,  エネルギー最小化 ,  構造予測 ,  構造生物学 ,  蛋白質構造予測 ,  *蛋白質構造 ,  *構造精密化 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (2件)： 蛋白質構造 ,  精密化