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J-GLOBAL ID：201902260747232723   整理番号：19A0782307

Illumina配列プラットフォームを用いたアーモンド(Amygdalus communis L.)のトランスクリプトームとマイクロサテライトマーカーの特性化【JST・京大機械翻訳】

Characterizing the transcriptome and microsatellite markers for almond ( Amygdalus communis L.) using the Illumina sequencing platform

著者 (5件)： Zhang Linsen (College of Horticulture, Northwest A&F University, Yangling, People’s Republic of China) ,  Yang Xiaoni (College of Horticulture, Northwest A&F University, Yangling, People’s Republic of China) ,  Qi Xiangning (College of Horticulture, Northwest A&F University, Yangling, People’s Republic of China) ,  Guo Chunhui (College of Horticulture, Northwest A&F University, Yangling, People’s Republic of China) ,  Jing Zhaobin (College of Horticulture, Northwest A&F University, Yangling, People’s Republic of China)
資料名： Hereditas (Web)  (Hereditas (Web))
巻： 155  号： 1  ページ： 14  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7386A  ISSN： 1601-5223  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】アーモンド樹(Prunus amygalus Batsch)は,栄養素に富むナッツを生産する亜熱帯地域で生育する重要なナッツ樹である。しかしながら,ゲノム情報とDNAマーカーの不足は,アーモンド樹木のための現代の育種技術の開発を制限している。【結果】本研究において,アーモンドをIllina paired-end配列決定技術により配列決定し,トランスクリプトームデータを得て,単純配列反復(SSR)マーカーを開発した。本研究では,混合アーモンドの種々の組織から約64百万のクリーンリードを発生させ,平均長988bpの合計42,135の単一遺伝子を得た。全部で27,586の単一遺伝子(発生した全ての単一遺伝子の57.7%)をいくつかのデータベースを用いて注釈した。全部で112,812の単一遺伝子を遺伝子オントロジー(GO)データベースで注釈し,82の機能的サブグループに割り当て,29,075の単一遺伝子をKOGデータベースに割り当て,25の機能分類に分類した。KEGG経路データベースにおける5つのカテゴリーからの遺伝子とゲノム(KEGG)経路の129の京都Encyclopaediaに割り当てられた9470の単一遺伝子があった。さらに,48,012の単一遺伝子から8641のSSRマーカーを同定した。品質を検証するために合計100のSSRマーカーをランダムに選択し,82のマーカーがA.communis L.の特異的産物を増幅できたが,70のマーカーは5つの種(A.ledebouriana,A.mongolica,A.pedunculata,A.tangutica,A.triloba)に成功裏に移行した。【結論】著者らの研究は,アーモンドからの公共のトランスクリプトームデータを作り出す最初のものであった。SSRマーカーの開発は,アーモンドの遺伝学研究と育種プログラムを促進する。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *キャラクタリゼーション ,  ナッツ類 ,  遺伝子 ,  栄養素 ,  サクラ属 ,  育種 ,  *トランスクリプトーム ,  データベース ,  品質 ,  ゲノム ,  DNAマーカー ,  京都府
準シソーラス用語： KEGG ,  ゲノム情報 ,  *マイクロサテライトマーカー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Prunus amygdalus Batsch ,  トランスクリプトーム ,  機能分類 ,  SSRマーカー

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (30件)：

• Sci Rep; Comparison of traditional and new generation DNA markers delares high genetic diversity and differentiated population structure of wild almond species; K Sorkheh, MK Dehkordi, S Ercisli, A Hegedus, H Julia; 7; 2017; 5966; 10.1038/s41598-017-06084-4; CR1;
• Bioche Syst Ecol; Seed traits, nutrient elements and assessment of genetic diversity for almond (Amygdalus spp.) endangered to China as revealed using SRAP markers; ZB Jing, JM Cheng, CH Guo, XP Wang; 49; 2013; 51-57; 10.1016/j.bse.2013.03.015; CR2;
• Curr Bot; Assessment of genetic diversity in late flowering almond varieties using ISSR molecular markers aimed to select genotypes tolerant to early spring frost in Yazd province; MO Arman, RG Mohammad; 2; 1; 2011; 01-04; CR3;
• J Am Pomo Soc; The utilization of related Prunus species for almond variety improvement; T Gradziel, P Martinez-Gomez, F Dicenta, D Kester; 55; 2001; 100-108; CR4;
• J Nutr; Almond consumption reduces oxidative DNA damage and lipid peroxidation in male smokers; N Li, X Xia, C Chen, J Blumberg, Y Song, W Zhang, X Zhang; 137; 2007; 2717-2722; CR5;

タイトルに関連する用語 (5件)： プラットフォーム ,  アーモンド ,  トランスクリプトーム ,  マイクロサテライトマーカー ,  特性化