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J-GLOBAL ID：201902260788284190   整理番号：19A1547294

古細菌におけるリボスイッチ【JST・京大機械翻訳】

Riboswitches in Archaea

著者 (2件)： Gupta Angela ( Department of Bioinformatics, Mahila Mahavidyalaya, Banaras Hindu University, Varanasi, India) ,  Swati D. ( Department of Bioinformatics, Mahila Mahavidyalaya, Banaras Hindu University, Varanasi, India)
資料名： Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening  (Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening)
巻： 22  号： 2  ページ： 135-149  発行年： 2019年 
JST資料番号： W3560A  ISSN： 1386-2073  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 不明 (ARE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:リボスイッチは,細菌mRNAの5′UTRおよび真核生物mRNAの3′UTRで見出されるcis作用性の非コードRNA要素であり,特異的代謝産物の受容体として機能する。リボスイッチは多くの細菌,古細菌,菌類,藻類および植物における遺伝子調節因子として機能する。目的と目的:本研究では,ライフのArchaealドメインにおける異なるクラスのリボスイッチを同定した。以前の研究は,リボスイッチが異なるドメインの寿命で保存されたアプタマードメインを運ぶことを示唆している。古細菌は最も特異的な生物であると考えられているので,これらの明らかに奇妙な微生物におけるリボスイッチの保存パターンを探すことは興味深い。材料と方法:NCBIリポジトリに存在する完全に配列したArchaeal Genomesをリボスイッチと他のncRNAの研究に用いた。FASTAフォーマットにおける配列ファイルをNCBIゲノムデータベースからダウンロードし,これらのゲノムに関連する情報をGenBankから検索した。3つのバイオインフォマティクスアプローチ,すなわち,ab initio,コンセンサス構造予測およびリボスイッチを同定するための統計的モデルベース予測を用いた。結果:古細菌ゲノムは,細菌で生じることが知られているTPP,FMN,グアニジン,リジンおよびc-di-AMPリボスイッチのような推定リボスイッチの散発的分布を有する。また,2番目のメッセンジャーであるリボスイッチ感知c-di-GMPのクラスは,いくつかのArchaeal生物において同定されている。結論:本研究は,生物情報学的方法が保存されたリボスイッチの同定において主要な役割を果たしている可能性があることを明らかにし,最終的な確認が湿った研究室の方法に由来しているにもかかわらず,これらのクラスが生命のすべての領域にあるかどうかを確立する。Copyright 2019 Bentham Science Publishers All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： リポジトリ ,  遺伝子 ,  予測 ,  mRNA ,  *古細菌 ,  *細菌 ,  真核生物 ,  ゲノム ,  代謝産物 ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  脂肪族カルボン酸 ,  第一アミン
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  アプタマー ,  非翻訳RNA ,  5′非翻訳領域 ,  *リボスイッチ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： NCRNA ,  古細菌 ,  リボスイッチ ,  アプタマー ,  発現プラットフォーム ,  自由エネルギー

分類 (5件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  酵素一般  (EB09010D) ,  腫ようの外科療法  (GE03033T) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  調味料,香辛料  (FJ10010W)

物質索引 (1件)： リジン

タイトルに関連する用語 (2件)： 古細菌 ,  リボスイッチ