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J-GLOBAL ID：201902261280416337   整理番号：19A0887122

C末端ジメチルリジンを持つトリプシンペプチドはプロテオミクス研究におけるリジンジメチル化の分析中に考慮すべきことが必要である【JST・京大機械翻訳】

Tryptic Peptides Bearing C-Terminal Dimethyllysine Need to Be Considered during the Analysis of Lysine Dimethylation in Proteomic Study

著者 (9件)： Chen Ming (The Chemical Proteomics Center and State Key Laboratory of Drug Research, Shanghai Institute of Materia Medica, Chinese Academy of Sciences, PR China) ,  Chen Ming (University of Chinese Academy of Sciences, PR China) ,  Zhang Min (The Chemical Proteomics Center and State Key Laboratory of Drug Research, Shanghai Institute of Materia Medica, Chinese Academy of Sciences, PR China) ,  Zhang Min (University of Chinese Academy of Sciences, PR China) ,  Zhai Linhui (The Chemical Proteomics Center and State Key Laboratory of Drug Research, Shanghai Institute of Materia Medica, Chinese Academy of Sciences, PR China) ,  Hu Hao (The Chemical Proteomics Center and State Key Laboratory of Drug Research, Shanghai Institute of Materia Medica, Chinese Academy of Sciences, PR China) ,  Liu Ping (The Chemical Proteomics Center and State Key Laboratory of Drug Research, Shanghai Institute of Materia Medica, Chinese Academy of Sciences, PR China) ,  Tan Minjia (The Chemical Proteomics Center and State Key Laboratory of Drug Research, Shanghai Institute of Materia Medica, Chinese Academy of Sciences, PR China) ,  Tan Minjia (University of Chinese Academy of Sciences, PR China)
資料名： Journal of Proteome Research  (Journal of Proteome Research)
巻： 16  号： 9  ページ： 3460-3469  発行年： 2017年 
JST資料番号： A1632A  ISSN： 1535-3893  CODEN： JPROBS  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： リジンメチル化はクロマチンの構造的及び機能的調節において重要な役割を果たす。トリプシンはリジンメチル化基質に対する質量分析に基づくプロテオーム解析において最も広く用いられているプロテアーゼであるが,ジメチル化リジン残基上のトリプシンの蛋白質分解活性は議論の余地がある。本研究では,合成ペプチド,精製アルブミンおよび全細胞溶解物中のジメチル化リジン残基を切断するためのトリプシンの能力を試験し,ジメチル化リジン残基のC末端が蛋白質配列依存的に切断されることを見出した。速度論研究は,トリプシンによるジメチル化リジンの開裂に対する最適消化時間と酵素対基質比が,それぞれ約16時間と1:50であることを明らかにした。さらに,トリプシン-C末端リジン-ジメチル化(C-Kme2)ペプチドは,化学的ジメチル化標識法を利用するプロテオーム研究における基質同定の重要な部分に寄与することを示した。120以上のトリプシンC-Kme2ペプチド(同定された全ペプチドの7%)が,タンデム質量分析(ナノ-HPLC-MS/MS)分析を用いた単一ショットナノフロー高速液体クロマトグラフィーにより,化学的リジン-ジメチル標識HeLa全細胞溶解物中で同定された。さらに,安定同位体ジメチル標識法を用いたプロテアーゼGlu-Cの基質同定のためのアッセイにおいて,著者らのデータはトリプシンC-Kme2ペプチドが全トリプシンペプチドの13%以上を占めることを示した。さらに,著者らのin vivoメチオニンプロファイリングデータは,いくつかのC-Kme2ペプチドを明らかにした。それは生物学的に関連する蛋白質とリジン-メチル化部位の同定と定量化に重要である。したがって,C末端ジメチル化リジンを有するトリプシンペプチドはリジンジメチル化の質量分析において考慮される必要がある。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 標識法 ,  *ペプチド ,  *トリプシン ,  タンデム質量分析 ,  アミノ酸配列 ,  *メチル化 ,  高速液体クロマトグラフィー ,  *プロテオミクス ,  基質 ,  消化 ,  クロマチン ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  脂肪族カルボン酸 ,  第一アミン
準シソーラス用語： リジン残基 ,  *ジメチル化 ,  *C末端 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： トリプシン ,  リジンジメチル化 ,  プロテオミクス ,  基質(尾部)の末端アミン同位体標識 ,  質量分析

分類 (4件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

物質索引 (1件)： リジン

タイトルに関連する用語 (6件)： C末端 ,  プロテオミクス ,  研究 ,  リジン ,  ジメチル化 ,  分析