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J-GLOBAL ID：201902261659399729   整理番号：19A1650895

免疫グロブリン受容体遺伝子の推定対立遺伝子変異体: その評価,ドキュメンテーションおよび命名のためのシステム【JST・京大機械翻訳】

Inferred Allelic Variants of Immunoglobulin Receptor Genes: A System for Their Evaluation, Documentation, and Naming

著者 (26件)： Ohlin Mats (Department of Immunotechnology, Lund University, Lund, Sweden) ,  Scheepers Cathrine (Center for HIV and STIs, National Institute for Communicable Diseases, Johannesburg, South Africa) ,  Scheepers Cathrine (Faculty of Health Sciences, School of Pathology, University of the Witwatersrand, Johannesburg, South Africa) ,  Corcoran Martin (Department of Microbiology, Tumor and Cell Biology, Karolinska Institute, Stockholm, Sweden) ,  Lees William D. (Institute of Structural and Molecular Biology, Birkbeck College, University of London, London, United Kingdom) ,  Busse Christian E. (Division of B Cell Immunology, German Cancer Research Center, Heidelberg, Germany) ,  Bagnara Davide (Department of Experimental Medicine, University of Genoa, Genoa, Italy) ,  Thornqvist Linnea (Department of Immunotechnology, Lund University, Lund, Sweden) ,  Buerckert Jean-Philippe (BISC Global Inc., Boston, MA, United States) ,  Jackson Katherine J. L. (Immunology Division, The Garvan Institute of Medical Research, Darlinghurst, NSW, Australia) ,  Ralph Duncan (Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA, United States) ,  Schramm Chaim A. (Vaccine Research Center, National Institutes of Health, Washington, DC, United States) ,  Marthandan Nishanth (Department of Molecular Biology and Biochemistry, Simon Fraser University, Burnaby, BC, Canada) ,  Breden Felix (Department of Biological Sciences, Simon Fraser University, Burnaby, BC, Canada) ,  Scott Jamie (Department of Molecular Biology and Biochemistry, Faculty of Health Sciences, Simon Fraser University, Burnaby, BC, Canada) ,  Matsen IV Frederick A. (Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA, United States) ,  Greiff Victor (Department of Immunology, Institute of Clinical Medicine, University of Oslo, Oslo, Norway) ,  Yaari Gur (Faculty of Engineering, Bar Ilan University, Ramat Gan, Israel) ,  Kleinstein Steven H. (Department of Pathology, Yale University, New Haven, CT, United States) ,  Christley Scott (Department of Clinical Sciences, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, TX, United States) ,  Sherkow Jacob S. (Innovation Center for Law and Technology, New York Law School, New York, NY, United States) ,  Kossida Sofia (IMGT, The International ImMunoGenetics information system (IMGT), Laboratoire d’ImmunoGenetique Moleculaire (LIGM), CNRS, Institut de Genetique Humaine, Universite de Montpellier, Montpellier, France) ,  Lefranc Marie-Paule (IMGT, The International ImMunoGenetics information system (IMGT), Laboratoire d’ImmunoGenetique Moleculaire (LIGM), CNRS, Institut de Genetique Humaine, Universite de Montpellier, Montpellier, France) ,  van Zelm Menno C. (Department of Immunology and Pathology, Central Clinical School, The Alfred Hospital, Monash University, Melbourne, VIC, Australia) ,  Watson Corey T. (Department of Biochemistry and Molecular Genetics, University of Louisville, Louisville, KY, United States) ,  Collins Andrew M. (School of Biotechnology and Biomolecular Sciences, University of New South Wales, Sydney, NSW, Australia)
資料名： Frontiers in Immunology (Web)  (Frontiers in Immunology (Web))
巻： 10  ページ： 435  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7074A  ISSN： 1664-3224  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 免疫グロブリンまたは抗体は,B細胞系譜の主要なエフェクタ分子であり,数百の可変(V),多様性(D)および接合(J)生殖系列遺伝子によりコードされ,巨大なIG多様性を生み出すために再結合する。最近,再結合したV-(D)-J遺伝子の高スループット適応免疫受容体レパートリー配列決定(AIRR-seq)は,健康と疾患におけるIGレパートリーの動力学への前例のない洞察を提供した。AIRR-seq研究の忠実な生物学的解釈は,参照生殖系列遺伝子データベースを用いた生AIRR-seqデータのアノテーションに依存し,各再配列内の生殖系列遺伝子を同定する。既存の参照データベースは,多くの以前に報告されていない多型の存在を推論した最近のAIRR-seq研究によって示されるように不完全である。生殖系列遺伝子データベースにおける遺伝的変異のdocuメンテーションを補完することは,したがって非常に重要である。リンパ球受容体遺伝子と対立遺伝子は,国際免疫学会(IUIS)の免疫グロブリン,T細胞受容体およびMajor組織適合性命名委員会により現在割り当てられており,国際免疫遺伝学情報システム(IMGT)で管理されている。2017年において,IMGTグループは,IMGTに組み込まれるために,推論された対立遺伝子配列を同定し,命名するための流線型プロセスの原理に関するAIRR-seq研究者グループと一致した。これらの研究者は,AIRR-seqデータ生成および解析の実験的および計算的側面の標準化を含む,免疫グロブリンおよびT細胞受容体レパートリー研究のすべての側面を促進することを目的とする300人以上の研究者のネットワークであるAIRRコミュニティを代表した。この機能を実行するための政策,基準,および手順を考案するために,AIRRコミュニティによって,インferredアレレレビュー委員会(IARC)を確立した。新しい推論されたシーケンスの形式化された評価は,現在始まっており,サブミッションは新しい専用のポータル()を介して活viされている。ここでは,生殖系列IGHV遺伝子の推定対立遺伝子変異体の受容を促進する目的で,ヒトIGHV遺伝子について始めて,IARC集束により開発された推奨を要約した。著者らは,このイニシアティブがヒトIG生殖系列遺伝子変異の記述を容易にすることによりAIRR-seq研究の質を改善し,時間において多くの脊椎動物種におけるTRとIG遺伝子のdocuメンテーションに拡大すると信じる。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *対立遺伝子 ,  標準化 ,  T細胞受容体 ,  ヒト ,  *遺伝子 ,  データベース ,  ネットワーク ,  アノテーション ,  *免疫グロブリン ,  *遺伝子変異 ,  コミュニティ ,  リンパ球 ,  再結合
準シソーラス用語： 健康 ,  生殖系列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 免疫グロブリン ,  対立遺伝子変異 ,  推論 ,  Airr-Seq ,  IGHV ,  V(D)J転位

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  免疫反応一般  (ED03010T)

引用文献 (76件)：

• Nielsen SCA, Boyd SD. Human adaptive immune receptor repertoire analysis-Past, present, and future. Immunol Rev. (2018) 284:9-23. doi: 10.1111/imr.12667
• Georgiou G, Ippolito GC, Beausang J, Busse CE, Wardemann H, Quake SR. The promise and challenge of high-throughput sequencing of the antibody repertoire. Nat Biotechnol. (2014) 32:158-68. doi: 10.1038/nbt.2782
• Wardemann H, Busse CE. Novel approaches to analyze immunoglobulin repertoires. Trends Immunol. (2017) 38:471-82. doi: 10.1016/j.it.2017.05.003
• Miho E, Yermanos A, Weber CR, Berger CT, Reddy ST, Greiff V. Computational strategies for dissecting the high-dimensional complexity of adaptive immune repertoires. Front Immunol. (2018) 9:224. doi: 10.3389/fimmu.2018.00224
• Boyd SD, Gaeta BA, Jackson KJ, Fire AZ, Marshall EL, Merker JD, et al. Individual variation in the germline Ig gene repertoire inferred from variable region gene rearrangements. J Immunol. (2010) 184:6986-92. doi: 10.4049/jimmunol.1000445

タイトルに関連する用語 (8件)： 免疫グロブリン受容体 ,  遺伝子 ,  推定 ,  対立遺伝子 ,  変異体 ,  評価 ,  ドキュメンテーション ,  命名