DNAの配列依存性持続長【JST・京大機械翻訳】

Mitchell Jonathan S.; Glowacki Jaroslaw; Grandchamp Alexandre E.; Manning Robert S.; Maddocks John H.

文献

J-GLOBAL ID：201902261867208344 整理番号：19A1407964

DNAの配列依存性持続長【JST・京大機械翻訳】

Sequence-Dependent Persistence Lengths of DNA

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資料名：
巻： 13 号： 4 ページ： 1539-1555 発行年： 2017年04月
JST資料番号： W2328A ISSN： 1549-9618 CODEN： JCTCCE 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

B形二本鎖DNAのcgDNA粗粒子剛性ベースモデルに適用したモンテカルロコードを用いて,Floryの意味でのl_F=53.5nmの配列平均持続長と,見掛け接線-接線相関減衰の意味でのl_p=160bpまたは53.5nmを予測した。これらの推定値は,150bpまたは50nmのコンセンサス実験値よりわずかに高いが,cgDNAモデルが長さ10~20bpの短いフラグメントの分子動力学シミュレーションからパラメータ化され,持続性長さに対する明確な適合はないと考えられる。モンテカルロシミュレーションにより,フラグメントの特異的配列[数式:原文を参照]に対する持続長の実質的依存性があることを予測した。固有形状に起因する見掛け接線-接線相関減衰[数式:原文を参照]の部分を,純粋に剛性に起因する部分[数式:原文を参照]から分離する簡単な因数分解の数値精度を提案した。即ち,配列平均動的持続長l-_d(cgDNAモデル内で=58.8nm)と呼ばれる。ランダムおよびλ-ファージ断片の両方の集合に対して,見かけの持続長[数式:原文を参照]は4nmの標準偏差を有するが,動的持続長[数式:原文を参照]は1nmの標準偏差を有する。しかしながら,ポリ(A)(例外的に直線的で堅い),ポリ(TA)(強固にコイル化され,例外的に軟らかい),およびフェーズAトラクト配列モチーフ(例外的に曲がり,堅い)を含む顕著な動的持続長異常値が存在する。著者らの数値シミュレーションの結果は,分子動力学シミュレーションおよびミニサークル環化速度および立体低温電子顕微鏡画像を含む多様な実験データと合理的に良く一致した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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