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J-GLOBAL ID：201902261964455036   整理番号：19A1549367

局所配列依存情報と発見的探索アルゴリズムを用いた蛋白質中の構造要素形成の研究【JST・京大機械翻訳】

Investigating the Formation of Structural Elements in Proteins Using Local Sequence-Dependent Information and a Heuristic Search Algorithm

著者 (5件)： Estana Alejandro (LAAS-CNRS, Universite de Toulouse, CNRS, 31400 Toulouse, France) ,  Estana Alejandro (Centre de Biochimie Structurale. INSERM, CNRS, Universite de Montpellier, 34090 Montpellier, France) ,  Ghallab Malik (LAAS-CNRS, Universite de Toulouse, CNRS, 31400 Toulouse, France) ,  Bernado Pau (Centre de Biochimie Structurale. INSERM, CNRS, Universite de Montpellier, 34090 Montpellier, France) ,  Cortes Juan (LAAS-CNRS, Universite de Toulouse, CNRS, 31400 Toulouse, France)
資料名： Molecules (Web)  (Molecules (Web))
巻： 24  号： 6  ページ： 1150  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7014A  ISSN： 1420-3049  CODEN： MOLEFW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質に挿入された構造要素は,生きている生物におけるシグナル伝達過程を支配する折畳み/非折畳み機構とパートナー認識イベントを定義するために不可欠である。ここでは,これらの構造要素の折畳み機構をモデル化するための独自のアプローチを提示した。著者らのアプローチは,高分解能実験的に決定された蛋白質構造の大きなセットから抽出された3残基フラグメントのデータベースにコードされた局所的配列依存性構造情報の活用に基づいている。構造要素の形成をもたらす配座転移の計算を,このデータベースを用いた離散経路探索問題として定式化した。この問題を解決するために,発見的に誘導された深さ第一探索アルゴリズムを提案した。ドメイン依存発見関数は,角度距離に関する経路の長さを最小化することを目的とし,一方,中間状態の局所密度を最大化し,それらの存在確率に関連する。蛋白質の2つの共通構造モチーフを模倣する2つの小合成ポリペプチドに戦略を適用した。抽出された折畳み機構は,従来の計算的に高価なアプローチを用いた場合に得られたものと非常に類似していた。これらの結果は,その単純さと計算効率により,提案したアプローチが有望な研究方向であることを示した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： モデリング ,  *構造要素 ,  ポリペプチド ,  定式化 ,  折畳み ,  デコンボリューション ,  データベース ,  配座転移 ,  *タンパク質 ,  経路探索
準シソーラス用語： 計算効率 ,  ドメイン構造 ,  残基 ,  蛋白質構造 ,  *探索アルゴリズム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 蛋白質 ,  構造要素 ,  配座転移 ,  構造データベース ,  発見的探索アルゴリズム

分類 (4件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  薬物学一般  (GV01010J) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  生物学的機能  (EB03040U)

引用文献 (47件)：

• Vendruscolo, M.; Zurdo, J.; Macphee, C.; M Dobson, C. Protein folding and misfolding: A paradigm of self-assembly and regulation in complex biological systems. Philos. Trans. Ser. A Math. Phys. Eng. Sci. 2003, 361, 1205-1222.
• Valastyan, J.S.; Lindquist, S. Mechanisms of protein-folding diseases at a glance. Dis. Models Mech. 2014, 7, 9-14.
• [Green Version] Knowles, T.; Vendruscolo, M.; Dobson, C. The amyloid state and its association with protein misfolding diseases. Structure 2014, 15, 384-396.
• Baldwin, R.L. Protein folding: Matching speed and stability. Nature 1994, 369, 183-184.
• Wolynes, P.; Onuchic, J.; Thirumalai, D. Navigating the folding routes. Science 1995, 267, 1619-1620.

タイトルに関連する用語 (5件)： 発見 ,  探索アルゴリズム ,  蛋白質 ,  構造要素 ,  研究