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J-GLOBAL ID：201902262107601926   整理番号：19A1527565

遺伝子共発現ネットワークの再構成における交絡アーチファクトのアドレッシング【JST・京大機械翻訳】

Addressing confounding artifacts in reconstruction of gene co-expression networks

著者 (13件)： Parsana Princy (Department of Computer Science, Johns Hopkins University, Baltimore, USA) ,  Ruberman Claire (Department of Biostatistics, Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, Baltimore, USA) ,  Jaffe Andrew E. (Department of Biostatistics, Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, Baltimore, USA) ,  Jaffe Andrew E. (Lieber Institute for Brain Development, Johns Hopkins Medical Campus, Baltimore, USA) ,  Jaffe Andrew E. (Department of Mental Health, Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, Baltimore, USA) ,  Jaffe Andrew E. (McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Jaffe Andrew E. (Center for Computational Biology, Johns Hopkins University, Baltimore, USA) ,  Schatz Michael C. (Department of Computer Science, Johns Hopkins University, Baltimore, USA) ,  Schatz Michael C. (Department of Biology, Johns Hopkins University, Baltimore, USA) ,  Battle Alexis (Department of Computer Science, Johns Hopkins University, Baltimore, USA) ,  Battle Alexis (Department of Biomedical Engineering, Johns Hopkins University, Baltimore, USA) ,  Leek Jeffrey T. (Department of Biostatistics, Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, Baltimore, USA) ,  Leek Jeffrey T. (Center for Computational Biology, Johns Hopkins University, Baltimore, USA)
資料名： Genome Biology (Web)  (Genome Biology (Web))
巻： 20  号： 1  ページ： 94  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7384A  ISSN： 1474-760X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 遺伝子共発現ネットワークは遺伝子間の生物学的関係を捉え,遺伝子機能を予測し,疾患機構を理解する上で重要なツールである。著者らは,遺伝子発現データにおける技術的および生物学的アーチファクトが,一般的に使用されるネットワーク再構成アルゴリズムを発見したことを示した。シミュレーションと経験的に,ネットワーク推論前の遺伝子発現測定の主成分補正が偽発見を低減できることを理論的に実証した。複数の組織におけるGTExプロジェクトからのデータを用いて,著者らは,このアプローチが既知の交絡因子に対してのみ補正を超えて偽発見を低減することを示した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *アーチファクト ,  *ネットワーク ,  遺伝子発現 ,  *遺伝子 ,  *番地付 ,  *再構成
準シソーラス用語： 交絡因子 ,  再構成アルゴリズム ,  遺伝子発現データ ,  遺伝子機能 ,  *交絡 ,  *共発現 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (34件)：

• Nat Commun; Gene co-expression network analysis reveals common system-level properties of prognostic genes across cancer types; Y Yang, L Han, Y Yuan, J Li, N Hei, H Liang; 5; 2014; 3231; 10.1038/ncomms4231; citation_id=CR1
• Nat Rev Genet; Network medicine: a network-based approach to human disease; A-L Barabási, N Gulbahce, J Loscalzo; 12; 2011; 56-68; 10.1038/nrg2918; citation_id=CR2
• Trends Genet; Human diseases through the lens of network biology; LI Furlong; 29; 2013; 150-159; 10.1016/j.tig.2012.11.004; citation_id=CR3
• Stegle O, Lippert C, Mooij JM, Lawrence ND, Borgwardt K. Efficient inference in matrix-variate gaussian models withiid observation noise. Adv Neural Inf Proces Syst. 2011;630-638.
• PLoS Comput Biol; Context specific and differential gene co-expression networks via Bayesian biclustering; C Gao, IC McDowell, S Zhao, CD Brown, BE Engelhardt; 12; 2016; e1004791; 10.1371/journal.pcbi.1004791; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (6件)： 遺伝子 ,  共発現 ,  再構成 ,  交絡 ,  アーチファクト ,  アドレッシング