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J-GLOBAL ID：201902263039670089   整理番号：19A2919111

GPMにおけるヒト欠損蛋白質の存在を確認するためのSRMATLASで沈着したプロテオームデータの利用【JST・京大機械翻訳】

Utilization of the Proteome Data Deposited in SRMAtlas for Validating the Existence of the Human Missing Proteins in GPM

著者 (11件)： Elguoshy Amr (Biofluid and Biomarker Center, Graduate School of Medical and Dental Sciences, Niigata University, Japan) ,  Elguoshy Amr (Graduate School of Science and Technology, Niigata University, Japan) ,  Elguoshy Amr (Biotechnology Department, Faculty of Agriculture, Al-Azhar University, Egypt) ,  Hirao Yoshitoshi (Biofluid and Biomarker Center, Graduate School of Medical and Dental Sciences, Niigata University, Japan) ,  Yamamoto Keiko (Biofluid and Biomarker Center, Graduate School of Medical and Dental Sciences, Niigata University, Japan) ,  Xu Bo (Biofluid and Biomarker Center, Graduate School of Medical and Dental Sciences, Niigata University, Japan) ,  Kinoshita Naohiko (Biofluid and Biomarker Center, Graduate School of Medical and Dental Sciences, Niigata University, Japan) ,  Kinoshita Naohiko (Department of Health Informatics, Niigata University of Health and Welfare, Japan) ,  Mitsui Toshiaki (Graduate School of Science and Technology, Niigata University, Japan) ,  Yamamoto Tadashi (Biofluid and Biomarker Center, Graduate School of Medical and Dental Sciences, Niigata University, Japan) ,  Yamamoto Tadashi (Department of Clinical Laboratory, Shinrakuen Hospital, Japan)
資料名： Journal of Proteome Research  (Journal of Proteome Research)
巻： 18  号： 12  ページ： 4197-4205  発行年： 2019年 
JST資料番号： A1632A  ISSN： 1535-3893  CODEN： JPROBS  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ヒト蛋白質プロジェクト(HPP)は,2012年以来のヒト蛋白質の既存の証拠を明らかにする大きな努力を行ってきた。しかしながら,neXtProt(2019-1)の最近の放出によると,全てのヒト遺伝子の約10%は,蛋白質レベルでの翻訳の実験的証拠はまだ不十分である。それらは欠損蛋白質(PE2-PE4)として分類された。さらに,HPPの目標を得るために,GPM内のそれらの天然の対応物を調べるために,排他的な参照として欠落蛋白質に対応するSRMAtlas合成ペプチドの利用を扱う2段階生物情報科学戦略を開発した。最初の段階では,同じプロテオーム研究において長さ≧9のアミノ酸を持つ≧2の非ネスト化されたunitypic/プロテオタイプペプチド「鎖ペプチド」を介して検出されたそれらのみを考慮して,欠落蛋白質に対応する非ネスト化SRMAtlasペプチドのGPMを検索した。結果として,51の欠損蛋白質が35の異なるプロテオーム研究で新たに検出された。第二段階において,SRMAtlas及びGPMにおけるそれらの合成及び天然ペプチドのスペクトルのマッチングに基づいて,これらの新たに検出された欠落蛋白質を検証した。結果は,≧2の非ネスト化ペプチドを有する欠損蛋白質の23が,注意深いスペクトルマッチングにより検証されたことを示した。Copyright 2020 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アミノ酸 ,  *タンパク質 ,  ペプチド ,  *プロテオーム ,  スペクトル ,  遺伝子 ,  *ヒト ,  マッチング ,  バイオインフォマティクス ,  合成ペプチド ,  タンパク質レベル
準シソーラス用語： プロテオーム解析 ,  蛋白質量 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： HPP ,  欠損蛋白質 ,  PA ,  GPM ,  SRMATLAS

分類 (3件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  生物学的機能  (EB03040U) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (6件)： GPM ,  ヒト ,  欠損 ,  蛋白質 ,  沈着 ,  プロテオーム