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J-GLOBAL ID：201902265821710338   整理番号：19A0659935

標準結合自由エネルギーの正確な決定のための新しい粗変数【JST・京大機械翻訳】

New Coarse Variables for the Accurate Determination of Standard Binding Free Energies

著者 (9件)： Fu Haohao (Research Center for Analytical Sciences, College of Chemistry, Tianjin Key Laboratory of Biosensing and Molecular Recognition, Nankai University, China) ,  Cai Wensheng (Research Center for Analytical Sciences, College of Chemistry, Tianjin Key Laboratory of Biosensing and Molecular Recognition, Nankai University, China) ,  Cai Wensheng (Collaborative Innovation Center of Chemical Science and Engineering (Tianjin), China) ,  Henin Jerome (Laboratoire de Biochimie Theorique, CNRS and Institut de Biologie Physico-Chimique, France) ,  Roux Benoit (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Gordon Center for Integrative Science, University of Chicago, Illinois, United States) ,  Roux Benoit (Leadership Computing Facility, Argonne National Laboratory, Illinois, United States) ,  Chipot Christophe (Laboratoire International Associe Centre National de la Recherche Scientifique et University of Illinois at Urbana-Champaign, Unite Mixte de Recherche No. 7565, Universite de Lorraine, France) ,  Chipot Christophe (Theoretical and Computational Biophysics Group, Beckman Institute, University of Illinois at Urbana-Champaign, Illinois, United States) ,  Chipot Christophe (Department of Physics, University of Illinois at Urbana-Champaign, Illinois, United States)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 13  号： 11  ページ： 5173-5178  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質-配位子結合による配置エントロピー変化のサンプリングを改善するために,幾何学的拘束を適用した全体的高分子配向法により配位子の相対配向と位置を記述する新しいセットの粗い変数を導入した。異なる粗い変数に対する平均力の可能性を評価し,AblキナーゼのSH3ドメインに関連する3つのデカペプチドに対する実験的標準結合自由エネルギーを定量的に再現した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 高分子 ,  *ペプチド ,  タンパク質
準シソーラス用語： SH3ドメイン ,  癌原遺伝子蛋白質c-abl ,  配置エントロピー ,  *結合自由エネルギー , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (3件)： 標準 ,  結合自由エネルギー ,  変数