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J-GLOBAL ID：201902266347099139   整理番号：19A1583499

ヒトトランスクリプトームの代謝ネットワークコヒーレンスはカドヘリン18遺伝子座における遺伝的変異と関連する【JST・京大機械翻訳】

The metabolic network coherence of human transcriptomes is associated with genetic variation at the cadherin 18 locus

著者 (25件)： Schlicht Kristina (Institute of Medical Informatics and Statistics, Kiel University, University Hospital Schleswig-Holstein, Kiel, Germany) ,  Nyczka Piotr (Department of Life Sciences and Chemistry, Jacobs University, Bremen, Germany) ,  Caliebe Amke (Institute of Medical Informatics and Statistics, Kiel University, University Hospital Schleswig-Holstein, Kiel, Germany) ,  Freitag-Wolf Sandra (Institute of Medical Informatics and Statistics, Kiel University, University Hospital Schleswig-Holstein, Kiel, Germany) ,  Claringbould Annique (Department of Genetics, University Medical Center Groningen, University of Groningen, Groningen, The Netherlands) ,  Franke Lude (Department of Genetics, University Medical Center Groningen, University of Groningen, Groningen, The Netherlands) ,  Voesa Urmo (Department of Genetics, University Medical Center Groningen, University of Groningen, Groningen, The Netherlands) ,  Kardia Sharon L. R. (Department of Epidemiology, University of Michigan, Ann Arbor, MI, USA) ,  Smith Jennifer A. (Department of Epidemiology, University of Michigan, Ann Arbor, MI, USA) ,  Zhao Wei (Department of Epidemiology, University of Michigan, Ann Arbor, MI, USA) ,  Gieger Christian (Research Unit Molecular Epidemiology, Helmholtz-Zentrum Muenchen-German Research Center for Environmental Health, Neuherberg, Germany) ,  Peters Annette (Institute of Epidemiology, Helmholtz-Zentrum Muenchen-German Research Center for Environmental Health, Neuherberg, Germany) ,  Prokisch Holger (Institute of Human Genetics, Helmholtz-Zentrum Muenchen-German Research Center for Environmental Health, Neuherberg, Germany) ,  Strauch Konstantin (Institute of Genetic Epidemiology, Helmholtz-Zentrum Muenchen-German Research Center for Environmental Health, Neuherberg, Germany) ,  Strauch Konstantin (Chair of Genetic Epidemiology, Institute of Medical Informatics, Biometry and Epidemiology, Ludwig-Maximilians University, Munich, Germany) ,  Baurecht Hansjorg (Department of Dermatology, University Hospital Schleswig-Holstein, Kiel, Germany) ,  Baurecht Hansjorg (Institute of Epidemiology and Preventive Medicine, University Hospital Regensburg, Regensburg, Germany) ,  Weidinger Stephan (Department of Dermatology, University Hospital Schleswig-Holstein, Kiel, Germany) ,  Rosenstiel Philip (Institute of Clinical Molecular Biology, Kiel University, University Hospital Schleswig-Holstein, Kiel, Germany) ,  Huett Marc-Thorsten (Department of Life Sciences and Chemistry, Jacobs University, Bremen, Germany) ,  Knecht Carolin (Institute of Medical Informatics and Statistics, Kiel University, University Hospital Schleswig-Holstein, Kiel, Germany) ,  Szymczak Silke (Institute of Medical Informatics and Statistics, Kiel University, University Hospital Schleswig-Holstein, Kiel, Germany) ,  Krawczak Michael (Institute of Medical Informatics and Statistics, Kiel University, University Hospital Schleswig-Holstein, Kiel, Germany) ,  BIOS Consortium ,  KORA Study Group
資料名： Human Genetics  (Human Genetics)
巻： 138  号： 4  ページ： 375-388  発行年： 2019年 
JST資料番号： E0781B  ISSN： 0340-6717  CODEN： HUGEDQ  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 代謝コヒーレンス(MC)は,例えばヒト代謝に関連する遺伝子の結合発現を解釈するために用いることができる次元縮小へのネットワークベースのアプローチである。計算的には,「トランスクリプトーム」MCの誘導は,代謝ネットワーク(現在Recon2)から予め誘導された遺伝子中心ネットワーク上への個々の遺伝子発現プロファイルのマッピングを含み,特に,特定のプロファイル特異的サブネットワークの連結性の決定が続いた。MCの生物学的意義は,ヒト炎症性腸疾患との関連で以前に例示されてきたが,この定量的細胞形質の遺伝的構造はまだ不明である。したがって,著者らは1000ゲノム/GEUVADISデータ(n=457)におけるMCの全ゲノム関連研究(GWAS)を行い,染色体5上のカドヘリン18(CDH18)遺伝子のイントロン領域における単一ヌクレオチド多型(SNP)との孤立性ゲノムワイド有意関連を同定した(鉛SN:rs11744487,p=1.2×10~8)。カドヘリン18はヒト神経発生と細胞から細胞へのシグナル伝達に関与する膜貫通蛋白質である。特に,CDH18遺伝子座における遺伝的変異はメタボリックシンドローム関連形質と関連していた。著者らのゲノムワイド有意GWAS結果の複製はオランダ(BIOS,n=2661;鉛SNP)からの別の集団研究で成功したが,2つの追加研究(Kora,ドイツ,n=711;GENOA,USA,n=411)で失敗した。試料サイズの問題に加えて,これらの矛盾する発見は技術的な違いに起因すると思われる。1000のゲノム/GEUVADISとBIOS遺伝子発現プロファイルはRNA配列決定によって作り出されたが,KoraとGENOAデータはマイクロアレイベースであった。地域の遺伝的変異とヒトトランスクリプトームの代謝関連特性の間の関連に関する最初の証拠を提供することに加えて,著者らの発見は分子データ解析にシステム生物学指向アプローチを採用することの利点を強調する。Copyright 2019 The Author(s) Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ヒト ,  ゲノムワイド関連解析 ,  *コヒーレンス ,  RNA【核酸】 ,  メタボリックシンドローム ,  *ネットワーク ,  *遺伝子 ,  イントロン ,  一塩基多型 ,  *トランスクリプトーム ,  ゲノム ,  *代謝 ,  ドイツ連邦共和国
準シソーラス用語： マイクロアレイ ,  遺伝子発現プロファイリング , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 遺伝的変異  (EC01030Y) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (4件)： 代謝ネットワーク ,  コヒーレンス ,  遺伝子座 ,  遺伝的変異