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J-GLOBAL ID：201902268420361874   整理番号：19A1883632

SeekR:速度論的速度のシミュレーション可能な推定,分子動力学を推定するための計算ツール,およびトリプシン-ベンズアミジン結合への応用【JST・京大機械翻訳】

SEEKR: Simulation Enabled Estimation of Kinetic Rates, A Computational Tool to Estimate Molecular Kinetics and Its Application to Trypsin-Benzamidine Binding

著者 (5件)： Votapka Lane W. (Laufer Center for Physical and Quantitative Biology, Stony Brook University, New York, United States) ,  Votapka Lane W. (University of California San Diego, California, United States) ,  Jagger Benjamin R. (University of California San Diego, California, United States) ,  Heyneman Alexandra L. (University of California San Diego, California, United States) ,  Amaro Rommie E. (University of California San Diego, California, United States)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 121  号： 15  ページ： 3597-3606  発行年： 2017年 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 著者らは,分子動力学,Brown動力学,およびマイニング理論の組合せを用いて,分子結合,非結合,および輸送の速度論の多重スケール計算を実行するための研究者を可能にするために設計された,一組のオープンソーススクリプトとツールのシミュレーション誘導推定(SEEKR)パッケージを提示する。その有用性を実証するために,蛋白質トリプシンに対するk_on,k_off及びΔG_結合を非共有結合性結合剤,ベンズアミジンで計算し,新しいソフトウェアの文脈で生成した速度論及び他の結果を調べ,同じ系で行った以前の研究と比較した。(2.1±0.3)×10~7M~-1s-1のk_on推定値,83±14s-1のk_off推定値,及び-7.4±0.1kcal mol-1のΔG_結合を計算した。これら全ては実験的に測定した2.9×10~7M-1s-1,600±300s-1,及び-6.71±0.05kcal mol-1であった。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *シミュレーション ,  *計算機シミュレーション ,  タンパク質 ,  *速度論 ,  ソフトウェア ,  推定量 ,  *トリプシン ,  *分子動力学 ,  芳香族カルボン酸
準シソーラス用語： 非共有結合 ,  スクリプト ,  オープンソース ,  マルチスケール ,  Brown動力学 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

物質索引 (1件)： ベンズアミジン

タイトルに関連する用語 (9件)： 速度論 ,  シミュレーション ,  推定 ,  分子動力学 ,  計算 ,  ツール ,  トリプシン ,  ベンズアミジン ,  応用