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J-GLOBAL ID：201902269335871546   整理番号：19A2164741

DNAXS/DNASTATISX: データ管理のためのソフトウェアスイートの開発と検証およびDNAプロファイルの確率的解釈【JST・京大機械翻訳】

DNAxs/DNAStatistX: Development and validation of a software suite for the data management and probabilistic interpretation of DNA profiles

著者 (16件)： Benschop Corina C.G. (Netherlands Forensic Institute, Division of Biological Traces, Laan van Ypenburg 6, 2497GB, The Hague, the Netherlands) ,  Hoogenboom Jerry (Netherlands Forensic Institute, Division of Biological Traces, Laan van Ypenburg 6, 2497GB, The Hague, the Netherlands) ,  Hovers Pauline (Netherlands Forensic Institute, Division of Biological Traces, Laan van Ypenburg 6, 2497GB, The Hague, the Netherlands) ,  Slagter Martin (Netherlands Forensic Institute, Division of Biological Traces, Laan van Ypenburg 6, 2497GB, The Hague, the Netherlands) ,  Kruise Dennis (Netherlands Forensic Institute, Division of Digital and Biometric Traces, Laan van Ypenburg 6, 2497GB, The Hague, the Netherlands) ,  Parag Raymond (Netherlands Forensic Institute, Division of Biological Traces, Laan van Ypenburg 6, 2497GB, The Hague, the Netherlands) ,  Steensma Kristy (Netherlands Forensic Institute, Division of Biological Traces, Laan van Ypenburg 6, 2497GB, The Hague, the Netherlands) ,  Slooten Klaas (Netherlands Forensic Institute, Division of Biological Traces, Laan van Ypenburg 6, 2497GB, The Hague, the Netherlands) ,  Nagel Jord H.A. (Netherlands Forensic Institute, Division of Biological Traces, Laan van Ypenburg 6, 2497GB, The Hague, the Netherlands) ,  Dieltjes Patrick (Netherlands Forensic Institute, Division of Biological Traces, Laan van Ypenburg 6, 2497GB, The Hague, the Netherlands) ,  van Marion Vincent (Netherlands Forensic Institute, Division of Biological Traces, Laan van Ypenburg 6, 2497GB, The Hague, the Netherlands) ,  van Paassen Heidi (Netherlands Forensic Institute, Division of Biological Traces, Laan van Ypenburg 6, 2497GB, The Hague, the Netherlands) ,  de Jong Jeroen (Netherlands Forensic Institute, Division of Digital and Biometric Traces, Laan van Ypenburg 6, 2497GB, The Hague, the Netherlands) ,  Creeten Christophe (Netherlands Forensic Institute, Division of Digital and Biometric Traces, Laan van Ypenburg 6, 2497GB, The Hague, the Netherlands) ,  Sijen Titia (Netherlands Forensic Institute, Division of Biological Traces, Laan van Ypenburg 6, 2497GB, The Hague, the Netherlands) ,  Kneppers Alexander L.J. (Netherlands Forensic Institute, Division of Biological Traces, Laan van Ypenburg 6, 2497GB, The Hague, the Netherlands)
資料名： Forensic Science International: Genetics  (Forensic Science International: Genetics)
巻： 42  ページ： 81-89  発行年： 2019年 
JST資料番号： W3148A  ISSN： 1872-4973  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNAプロファイルのセットのデータ管理,解釈,および比較は,手動で実行されるとき,複雑で,時間がかかり,エラーが起こりやすい。これは,法医学的同定システムにおける遺伝子マーカーの成長数と組み合わせて,DNAプロファイルの(大規模)セット内の遺伝子タイピング結果を自動的に比較し,プロファイル解釈を支援するエキスパートシステムを必要とする。この目的のために,DNAxsと呼ばれるユーザに優しいソフトウェアプログラムまたはDNA eXpertシステムを開発した。このソフトウェアは,ソフトウェアプログラムのアップとダウンストリームに対する接続性を持つ常染色体短タンデム反復プロファイルを見,推論し,整合させる特徴を含んでいる。さらに,DNAxsは,尤度比(LR)を計算するための確率論的アルゴリズムを含む統計的ライブラリである「DNAStatistX」モジュールを埋め込んだ。このアルゴリズムは,定量的確率的遺伝子タイピングシステムEuroForMixのソースコードに基づいている。統計的ライブラリ,DNAStatistXは並列計算をサポートし,計算機クラスタに委任され,要求されるLR計算の自動化待ち行列を可能にする。DNAStatistXはJavaで書かれており,別々またはDNAxsを介してアクセス可能である。4つの寄与因子までのDNAプロファイルへの真と非寄与因子を用いて,DNAStatistX精度と精度を,DNAStatistX結果をEuroForMixのそれらと比較することによって評価した。結果は,両ソフトウェアプログラムで使用される異なる最適化に起因すると思われる稀な差異と同じであった。染料特異的検出閾値の実施は,より大きな尤度値をもたらし,したがって,本研究で用いたデータのより良い説明をもたらした。さらに,処理時間,DNAStatistX結果のロバスト性,およびモデル検証が失敗した状況について検討した。最後に,ソフトウェアの応用のためのガイドラインを例として共有した。DNAxsソフトウェアは,それが新しい機能性を組み込むことができるモジュール方式を適用するので将来性がある。Copyright 2019 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 常染色体 ,  最適化 ,  *ソフトウェア ,  ロバスト性 ,  法医学 ,  並列演算 ,  アルゴリズム ,  自動化 ,  Java ,  *DNA【核酸】 ,  確率論 ,  待ち行列 ,  *データ管理
準シソーラス用語： 尤度 ,  遺伝子タイピング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： DNAプロファイル解釈 ,  DNAエキスパートシステム ,  DNAXS ,  尤度比 ,  確率的遺伝子タイピング ,  DNASTATISX ,  EUROFormix

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (6件)： データ管理 ,  開発 ,  検証 ,  DNA ,  プロファイル ,  確率