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J-GLOBAL ID：201902269509568232   整理番号：19A1407850

フラグメント固定化配位子ドッキングによる4つのブロモドメイン阻害剤の発見【JST・京大機械翻訳】

Discovery of Inhibitors of Four Bromodomains by Fragment-Anchored Ligand Docking

著者 (4件)： Marchand Jean-Remy (Department of Biochemistry, University of Zuerich, Switzerland) ,  Dalle Vedove Andrea (Centre for Integrative Biology, University of Trento, Italy) ,  Lolli Graziano (Centre for Integrative Biology, University of Trento, Italy) ,  Caflisch Amedeo (Department of Biochemistry, University of Zuerich, Switzerland)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 10  ページ： 2584-2597  発行年： 2017年10月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質標的のための最適フラグメント(アンカー)を持つこれらの分子の予備選択による化合物の大規模ライブラリーの効率的なin silicoスクリーニングのために,2005年にALTA-VS(仮想スクリーニングのためのアンカーに基づくライブラリー調整法)と呼ばれるハイスループットドッキングプロトコルを開発した。ここでは,より広い範囲の潜在的応用を有するALTA-VSの最新版を提示した。結合エネルギーの評価は,連続体誘電近似における陰的溶媒を持つ古典的力場を利用する。96コア計算クラスタ上の蛋白質標的当たり約2日(2.5GHzでXeon E3-1280量子コアプロセッサを装備)において,最新のALTA-VSプロトコルによるほぼ77000の多様な分子ライブラリーのスクリーニングは,ヒトのブロモドメインATAD2,BAZ2B,BRD4(1)及びCREEBBPのそれぞれ19,3,3及び2μM阻害剤の同定をもたらした。成功率(すなわち,試験した化合物の数により分割されたin vitroでの競合結合アッセイにおける活性剤の数)は,用量反応測定において8%から13%の範囲であった。BAZ2Bブロモドメインの3つのリガンドに対するフラグメントに基づくドッキングにより予測された姿勢を,蛋白質X線結晶学により確認した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： クラスタ ,  X線結晶学 ,  結合エネルギー ,  *ドッキング ,  タンパク質 ,  連続体 ,  in vitro実験 ,  近似法 ,  ヒト
準シソーラス用語： ハイスループット ,  ALTA ,  バーチャルスクリーニング ,  *阻害剤 ,  *ブロモドメイン ,  *固定化 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  薬物学一般  (GV01010J)

タイトルに関連する用語 (7件)： フラグメント ,  固定化 ,  配位子 ,  ドッキング ,  ブロモドメイン ,  阻害剤 ,  発見