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J-GLOBAL ID：201902269974336684   整理番号：19A2330446

ヘリオロドプシンの結晶構造

Crystal structure of heliorhodopsin

著者 (35件)： SHIHOYA Wataru (Dep. of Biological Sci., Graduate School of Sci., Univ. Tokyo, Tokyo, JPN) ,  YAMASHITA Keitaro (Dep. of Biological Sci., Graduate School of Sci., Univ. Tokyo, Tokyo, JPN) ,  HIGUCHI Akimitsu (Dep. of Biological Sci., Graduate School of Sci., Univ. Tokyo, Tokyo, JPN) ,  IZUME Tamaki (Dep. of Biological Sci., Graduate School of Sci., Univ. Tokyo, Tokyo, JPN) ,  OKAZAKI Sae (Dep. of Biological Sci., Graduate School of Sci., Univ. Tokyo, Tokyo, JPN) ,  NUREKI Osamu (Dep. of Biological Sci., Graduate School of Sci., Univ. Tokyo, Tokyo, JPN) ,  INOUE Keiichi (Dep. of Life Sci. and Applied Chemistry, Nagoya Inst. of Technol., Nagoya, JPN) ,  SINGH Manish (Dep. of Life Sci. and Applied Chemistry, Nagoya Inst. of Technol., Nagoya, JPN) ,  KONNO Masae (Dep. of Life Sci. and Applied Chemistry, Nagoya Inst. of Technol., Nagoya, JPN) ,  HOSOSHIMA Shoko (Dep. of Life Sci. and Applied Chemistry, Nagoya Inst. of Technol., Nagoya, JPN) ,  HASHIMOTO Masanori (Dep. of Life Sci. and Applied Chemistry, Nagoya Inst. of Technol., Nagoya, JPN) ,  MIZUTORI Ritsu (Dep. of Life Sci. and Applied Chemistry, Nagoya Inst. of Technol., Nagoya, JPN) ,  TOMIDA Sahoko (Dep. of Life Sci. and Applied Chemistry, Nagoya Inst. of Technol., Nagoya, JPN) ,  YAMAUCHI Yumeka (Dep. of Life Sci. and Applied Chemistry, Nagoya Inst. of Technol., Nagoya, JPN) ,  ABE-YOSHIZUMI Rei (Dep. of Life Sci. and Applied Chemistry, Nagoya Inst. of Technol., Nagoya, JPN) ,  KATAYAMA Kota (Dep. of Life Sci. and Applied Chemistry, Nagoya Inst. of Technol., Nagoya, JPN) ,  TSUNODA Satoshi P. (Dep. of Life Sci. and Applied Chemistry, Nagoya Inst. of Technol., Nagoya, JPN) ,  KANDORI Hideki (Dep. of Life Sci. and Applied Chemistry, Nagoya Inst. of Technol., Nagoya, JPN) ,  INOUE Keiichi (OptoBioTechnol. Res. Center, Nagoya Inst. of Technol., Showa-ku, Nagoya, JPN) ,  KATAYAMA Kota (OptoBioTechnol. Res. Center, Nagoya Inst. of Technol., Showa-ku, Nagoya, JPN) ,  FURUTANI Yuji (OptoBioTechnol. Res. Center, Nagoya Inst. of Technol., Showa-ku, Nagoya, JPN) ,  KANDORI Hideki (OptoBioTechnol. Res. Center, Nagoya Inst. of Technol., Showa-ku, Nagoya, JPN) ,  INOUE Keiichi (Inst. for Solid State Physics, Univ. Tokyo, Kashiwa, JPN) ,  INOUE Keiichi (PRESTO, Japan Sci. and Technol. Agency, Kawaguchi, JPN) ,  TSUNODA Satoshi P. (PRESTO, Japan Sci. and Technol. Agency, Kawaguchi, JPN) ,  YAMASHITA Keitaro (RIKEN SPring-8 Center, Sayo-gun, JPN) ,  IKEDA Kento (School of Mathematical and Physical Sci., Graduate School of Natural Sci. & Technol., Kanazawa Univ., Kanazawa, JPN) ,  SHIBATA Mikihiro (Nano Life Sci. Inst. (WPI-NanoLSI), Kanazawa Univ., Kanazawa, JPN) ,  SHIBATA Mikihiro (High-speed AFM for Biological Application Unit, Inst. for Frontier Sci. Initiative, Kanazawa Univ., Kanazawa, JPN) ,  FURUTANI Yuji (Dep. of Life and Coordination-Complex Molecular Sci., Inst. for Molecular Sci., National Inst. of Natural Sci., Okazaki, JPN) ,  FURUTANI Yuji (Dep. of Structural Molecular Sci., Graduate Univ. for Advanced Studies (SOKENDAI), Okazaki, JPN) ,  PUSHKAREV Alina (Fac. of Biology, Technion-Israel Inst. of Technol., Haifa, ISR) ,  BEJA Oded (Fac. of Biology, Technion-Israel Inst. of Technol., Haifa, ISR) ,  UCHIHASHI Takayuki (Dep. of Physics, Nagoya Univ., Nagoya, JPN) ,  UCHIHASHI Takayuki (Exploratory Res. Center on Life and Living Systems (ExCELLS), National Inst. of Natural Sci., Okazaki, JPN)
資料名： Nature (London)  (Nature (London))
巻： 574  号： 7776  ページ： 132-136  発行年： 2019年10月03日 
JST資料番号： D0193B  ISSN： 0028-0836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ヘリオロドプシン(HeR)は,機能的メタゲノム解析を用いて最近発見されたロドプシンファミリーの1つで,細菌やアーキア,藻類,藻類ウイルスに広く存在している。HeRは,タイプ1(微生物由来)ロドプシンと同じく,膜を貫通していると予測される7本のヘリックスとオールトランス型レチナール発色団を持つが,タイプ1やタイプ2(動物由来)ロドプシンとのアミノ酸配列の同一性は15%以下である。HeRの膜内での配置も,他のロドプシンと比べると方向性が逆になっている。構造情報が欠落していることから,HeRの全体構造や光活性化機構はよく分かっていなかった。今回我々は,テルモプラズマ目(Thermoplasmatales)のアーキアで非培養のSG8-52-1(GenBank配列IDはLSSD01000000)由来のHeRの2.4Å分解能での構造を示す。構造学的および生物物理学的解析から,HeRとタイプ1微生物ロドプシンとの類似性と相違が明らかになった。HeRの全体構造はバクテリオロドプシンのそれと類似している。HeRの直線的な疎水性ポケットは,タイプ1ロドプシンと同じくレチナールの形状と異性化に合った形だが,ポケットを構成するアミノ酸残基の大半はタイプ1ロドプシンとは異なっている。HeRの細胞外側半分は疎水性残基で満たされていて,プロトンやイオンの透過が防がれている。今回の構造では,予想外の横穴がレチナール発色団のβ-イオノン環の上方に見つかり,これは環境中の供給源からレチナールを捕捉するのに重要な役割を持つ。我々の研究により,HeRの機能,また微生物ロドプシンの間で見られる構造的類似性と相違に関する理解が深まる。Copyright Nature Japan KK 2019

シソーラス用語： *結晶構造 ,  細菌 ,  古細菌 ,  アミノ酸残基 ,  異性化 ,  動物 ,  発色団 ,  アミノ酸配列 ,  陽子 ,  *ロドプシン ,  疎水性 ,  バクテリオロドプシン ,  分解能 ,  脂環式化合物 ,  ビタミンA ,  不飽和アルデヒド ,  ポリエン
準シソーラス用語： 残基 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

物質索引 (1件)： レチナール

タイトルに関連する用語 (2件)： ヘリオロドプシン ,  結晶構造