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J-GLOBAL ID：201902269981463265   整理番号：19A2694083

ハウスダストダニ,Dermatophagoides farinaeのプロテオゲノミクス:アレルゲンレパートリー,正確なアレルゲン同定,イソ型,および性偏性プロテオーム差【JST・京大機械翻訳】

Proteogenomics of the house dust mite, Dermatophagoides farinae: Allergen repertoire, accurate allergen identification, isoforms, and sex-biased proteome differences

著者 (6件)： Erban Tomas (Crop Research Institute, Drnovska 507/73, Prague 6-Ruzyne, CZ-16106, Czechia) ,  Klimov Pavel (Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Michigan, 3600 Varsity Drive, Ann Arbor, MI 48109, USA) ,  Klimov Pavel (Institute of Biology, University of Tyumen, Pirogova 3, 625043 Tyumen, Russia) ,  Talacko Pavel (Proteomics Core Facility, Faculty of Science, Charles University, BIOCEV, Prumyslova 595, Vestec, CZ-25242, Czechia) ,  Harant Karel (Proteomics Core Facility, Faculty of Science, Charles University, BIOCEV, Prumyslova 595, Vestec, CZ-25242, Czechia) ,  Hubert Jan (Crop Research Institute, Drnovska 507/73, Prague 6-Ruzyne, CZ-16106, Czechia)
資料名： Journal of Proteomics  (Journal of Proteomics)
巻： 210  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： T0073A  ISSN： 1874-3919  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： この種で記載されているほとんどのダニアレルゲンにもかかわらず,ハウスダストダニ,Dermatophagoides farinaeのアレルゲンレパートリーは不完全である。プロテオゲノミクスを用いて,著者らは,両性の間の蛋白質とアレルゲンを比較し,新規アレルゲンの同定のための基礎を提供することを目的とした。全体として,6297の蛋白質ヒットが同定され,2899および886はそれぞれ雄および雌特異的であった。微量結果の除去により,データセットを3478ヒットに狭くした。すべての34のWHO/IUIS承認D.farinaeアレルゲン(除外Der f17)を同定し,著者らはまだ記述されていないDer f9と38の相同体を同定した。der f27/セルピンは,最大の性依存性差異を示し,雌において優性であった。公式蛋白質配列を用いて,Der f11,14,23,28および30を低い成功率で同定した。しかしながら,Der f11と14の同定成功は,より長い/完全な配列を用いることによって大いに増加した。der f 30は,ここで同定されたより豊富なDer f 30(アイソフォーム)と同じトリプシン消化物により特徴付けられる。der f23は,ダニ体において低い豊度であると思われる。der f 28.0101とDer f 28.0201は,それぞれ低存在量と痕跡量で検出された。本研究では,ハウスダストアレルゲンの最も重要な発生源であるハウスダストダニ,Dermatophagoides farinaeのプロテオゲノムアノテーションを行った。ここで行ったプロテオゲノム分析は,ダニの生物学を理解するだけでなく,新規アレルゲンの同定に対する基礎を提供する。本研究では,D.farinaeに対するロバストなプロテオミクスデータセットを作成し,この種における既存および候補アレルゲンをレビューした。著者らは,特に,データベースに提供されたアレルゲン蛋白質記録の不適切なヘッダが混乱をもたらすことができる,ハイスループット分析のいくつかの落とし穴を強調する。プロテオミクス同定と定量化における部分配列を用いることにより,低い同定成功(低信号強度またはMS/MS計数)に導くことができる。そこで,適切な同定と定量のために蛋白質配列を個別に解析した。発見された性差は,ダニ抽出物におけるアレルゲン/免疫原性変化に影響を及ぼす1つの因子である可能性がある。全体として,本研究は,プロテオミクスを用いたダニ免疫原性蛋白質の正確な同定のためのベンチマークを提供する。Copyright 2019 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 免疫原性 ,  タンパク質 ,  *ハウスダスト ,  性差 ,  *アレルゲン ,  *プロテオーム ,  ベンチマーク ,  プロテオミクス ,  アミノ酸配列 ,  ロバスト性 ,  データベース
準シソーラス用語： ハイスループット ,  *アイソフォーム ,  *プロテオゲノミクス ,  *コナヒョウヒダニ , 【Automatic Indexing@JST】

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分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  微生物の生化学  (EG03020N)

タイトルに関連する用語 (7件)： Dermatophagoides ,  プロテオゲノミクス ,  アレルゲン ,  同定 ,  イソ型 ,  性 ,  プロテオーム