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J-GLOBAL ID：201902270173645943   整理番号：19A1652891

アミノ酸の配列文脈におけるペプチド断片の立体配座安定性/不安定性【JST・京大機械翻訳】

The Conformational Stability/Lability of Peptide Fragments in the Sequence Context of Amino Acids

著者 (6件)： Torshin I. Yu. (Dorodnicyn Computing Center, Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia) ,  Batyanovskii A. V. (Institute of Biophysics and Cell Engineering, National Academy of Sciences of Belarus, Minsk, Belarus) ,  Uroshlev L. A. (Vavilov Institute of General Genetics, Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia) ,  Tumanyan V. G. (Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia) ,  Volotovskii I. D. (Institute of Biophysics and Cell Engineering, National Academy of Sciences of Belarus, Minsk, Belarus) ,  Esipova N. G. (Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia)
資料名： Biophysics  (Biophysics)
巻： 64  号： 2  ページ： 182-194  発行年： 2019年 
JST資料番号： W4111A  ISSN： 0006-3509  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質構造のフラグメントを参照したペプチドフラグメントの立体配座安定性/不安定性を評価するための基準を定式化した。提案した基準を用いて,PDB蛋白質データバンクからの25の121の蛋白質鎖構造の試料において,テトラペプチドフラグメント(それらの立体配座と配列)の統計解析を行った。分析の結果,テトラペプチドフラグメントは,提案した統計的基準の観点から立体配座安定性/不安定性の程度が著しく異なることが示された。テトラペプチド変性分子動力学シミュレーションの結果を,ペプチドフラグメントの安定性/不安定性を推定する独立したアプローチとして用いた。実験的に決定された蛋白質構造で観察されたペプチド立体配座の集合の統計解析に基づいて得られた配座不安定性の推定値と分子動力学トラジェクトリーに基づいて計算された配座不安定性/安定性の推定の間の相関を示した。より多くの「立体配座的に安定なペプチド」のサブグループを得た。最も低い立体配座不安定性(最も高い立体配座安定性)により特性化されたコンセンサステトラペプチドを,複雑な基準を用いて決定した。立体配座の増加を伴うペプチドについて述べた。したがって,すべての組み合わせ可能なテトラペプチドの中で,それらの立体配座状態についての確実性によって特徴付けられるテトラペプチドが重要な役割を果たしている。ペプチドの立体配座確実性の程度と蛋白質の一次構造におけるその関与の間の関係を特性化した。蛋白質構造の形成における立体配座的に安定なペプチドの役割は,それらが平均的にアミノ酸配列の約10%を構成するので,かなり大きいことが分かった。実例として実際の可溶性ペプチドを用いて,テトラペプチドの配座不安定性の開発された基準に基づいて,任意のプレセットアミノ酸配列の立体配座安定性を評価する可能性を示した。Copyright 2019 Pleiades Publishing, Inc. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アミノ酸配列 ,  *立体配座 ,  *ペプチド ,  計算機シミュレーション ,  *不安定性 ,  タンパク質 ,  分子動力学 ,  トラジェクトリー ,  キャラクタリゼーション ,  統計解析 ,  可溶性 ,  *アミノ酸
準シソーラス用語： 分子動力学シミュレーション ,  テトラペプチド ,  蛋白質構造 ,  *配座安定性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 立体配座的に安定で不安定な蛋白質セグメント ,  局所蛋白質構造 ,  立体配座解析 ,  統計解析 ,  分子動力学

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： アミノ酸 ,  文脈 ,  ペプチド断片 ,  立体配座安定性 ,  不安定性