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J-GLOBAL ID：201902271760733020   整理番号：19A1883802

B-DNA溝屈曲異方性の[KCl]依存性【JST・京大機械翻訳】

[KCl] Dependence of B-DNA Groove Bending Anisotropy

著者 (2件)： Ma Ning (Department of Chemistry, University of South Florida, Florida, United States) ,  van der Vaart Arjan (Department of Chemistry, University of South Florida, Florida, United States)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 121  号： 21  ページ： 5322-5330  発行年： 2017年 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 4つの異なるKCl濃度における自由エネルギーシミュレーションにより,主要および小さな溝に向かうB-DNA曲げのエネルギーを定量化した。[KCl]の増加は,実験値と良く一致する持続長さをもつより柔軟なDNAをもたらした。すべての塩濃度において,主要な溝曲げは優先されたが,主要および小さな溝曲げに対する優先性は,A管を含む配列に対して類似していた。リン酸塩反発とDNA内部エネルギーは小さい溝曲げに好ましいので,主溝曲げの優先性は溶媒和の違いに由来すると考えられた。主溝における水よりも小さい溝における水はより強く結合しており,主溝水よりも変位しにくく,曲げによる主溝の圧縮に有利であった。より高い[KCl]は,主および小溝曲げの両方に対する持続長さを減少させたが,小さいおよび主要な溝曲げ曲線間の自由エネルギー間隔に大きくは影響しなかった。Aを含まないシーケンスに対して,塩はほとんど同じ程度に大きく小さい曲げに影響し,主溝曲げに対する優先性を変化させなかった。Aトラクトを含む配列に対して,塩濃度の増加は,主および小溝曲げの間のすでに小さいエネルギー差を減少させた。塩は曲げエネルギーと水和における相対的差異に有意に影響しなかったので,塩の増加による曲げ柔軟性の増加は単にスクリーニングによるものと考えられる。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *異方性 ,  *DNA【核酸】 ,  溶媒和 ,  内部エネルギー ,  *B-DNA ,  柔軟性 ,  濃度依存性 ,  エネルギーギャップ ,  シミュレーション ,  自由エネルギー ,  水和 ,  リン酸塩
準シソーラス用語： 塩濃度 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (4件)： B-DNA ,  屈曲 ,  異方性 ,  依存性