文献

J-GLOBAL ID：201902272420025688   整理番号：19A1143215

蛋白質の立体配座運動に対する多次元一般化Langevin方程式【JST・京大機械翻訳】

The multi-dimensional generalized Langevin equation for conformational motion of proteins

著者 (3件)： Lee Hee Sun (Mechanical Engineering Department, Stanford University, Stanford, California 94305, USA) ,  Ahn Surl-Hee (Chemistry Department, Stanford University, Stanford, California 94305, USA) ,  Darve Eric F. (Mechanical Engineering Department, Stanford University, Stanford, California 94305, USA)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 150  号： 17  ページ： 174113-174113-12  発行年： 2019年 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 一般化Langevin方程式(GLE)を用いることは,GLEモデルが,メモリによるより洗練された摩擦を含むことにより,Brown動力学あるいはLangevinモデルよりも正確な熱力学的および速度論的予測をしばしばもたらすので,分子系の粗粒(CG)モデルを構築する有望なアプローチである。GLEアプローチは,ペアワイズ分解と単一CG座標に対する原子群の質量中心のようなCG座標に対して使用されている。CG座標が多重一般化座標であるとき,一般的に微視的原子座標の非線形関数として定義されるGLEアプローチを提示した。多重一般化座標に対するCGモデルを,正確なメモリ行列を含むMori-Zwanzig形式からの多次元GLEにより記述した。まず,完全システムの軌跡を用いて多次元GLEにおけるメモリ行列を計算する方法を示した。次に,メモリによる多次元摩擦を計算する計算コストを低減するために,GLEを拡張Markovシステムに写像する方法を導入した。さらに,CGモデルにおける非一定質量行列を用いる効果を研究した。特に,平均力における質量依存項を含めた。提案したCGモデルを用いて,CG座標として二つの二面角をもつ溶媒和アラニンジペプチド系の立体配座運動を記述した。CGモデルは二つの重要な運動量を正確に再現できることを示した:速度自己相関関数と第一通過時間の分布。Copyright 2019 AIP Publishing LLC All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 軌跡 ,  速度論 ,  *タンパク質 ,  モデル ,  熱力学 ,  多重化 ,  自己相関関数 ,  予測 ,  溶媒和 ,  *立体配座 ,  *高次元 ,  記憶装置 ,  *Langevin方程式
準シソーラス用語： 第一通過時間 ,  計算コスト , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 統計力学一般,多体問題  (BA08010Q) ,  高分子の立体構造  (CG02031G) ,  数値計算  (JE02000J)

タイトルに関連する用語 (6件)： 蛋白質 ,  立体配座 ,  運動 ,  多次元 ,  一般化 ,  Langevin方程式