陰的膜に基づくスコア関数による膜蛋白質の天然様状態の識別【JST・京大機械翻訳】

Dutagaci Bercem; Wittayanarakul Kitiyaporn; Mori Takaharu; Feig Michael

文献

J-GLOBAL ID：201902272440230696 整理番号：19A0660144

陰的膜に基づくスコア関数による膜蛋白質の天然様状態の識別【JST・京大機械翻訳】

Discrimination of Native-like States of Membrane Proteins with Implicit Membrane-based Scoring Functions

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資料名：
巻： 13 号： 6 ページ： 3049-3059 発行年： 2017年
JST資料番号： W2328A ISSN： 1549-9618 CODEN： JCTCCE 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

陰的膜に基づくスコアリング機能に基づく採点プロトコルと膜内部の蛋白質の位置決めを最適化するための新しいプロトコルを,誤って折り畳まれたデコイからのネイティブ様状態を識別する能力に対して評価した。以前にBaker実験室により確立されたデコイセット(蛋白質:構造,機能,遺伝子,2006,62,1010-1025)を,より高い分解能モデルをカバーするために生成された第2のセットと共に用いた。単純スイッチング(GBSW)を有する一般化Bornと不均一誘電一般化Bornバージョン2(HDGBv2)と3(HDGBv3)を,溶媒和自由エネルギーへの陰的van der Waals寄与を追加する新しいHDGB van der Waals(HDGBvdW)モデルと共に試験した。比較のために,スコアを距離スケール有限理想ガス基準(DFIRE)スコア関数で計算した。自然状態識別のZスコア,エネルギー対二乗平均偏差(RMSD)相関,およびトップスコアリングデコイとしての最も自然な構造を選択する能力を評価し,評価関数の性能を評価した。元の状態から比較的遠いBakerセットにおけるデコイのランク付けは困難であり,暗黙の膜ベースのモデルのより少ない利益でDFIREによって最も良く捕捉されたパッキング相互作用によって大きく支配された。膜環境を説明することは,特にHDGBに基づくスコア化機能がデコイのランク付けにおいて非常に良く機能し,スコアとRMSDの間の有意な相関を提供し,膜蛋白質構造予測と精密化応用を改善するために有望であることを示す第二デコイセットにおいて非常に重要であった。新しい膜構造評価プロトコルをMEMScore Webサーバ(http://feiglab.org/memscore)に実装した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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計算機シミュレーション , 蛋白質・ペプチド一般

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