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J-GLOBAL ID：201902272726949389   整理番号：19A0492179

分子動力学シミュレーション軌道間の類似性を定量化するための統計的測定【JST・京大機械翻訳】

Statistical Measures to Quantify Similarity between Molecular Dynamics Simulation Trajectories

著者 (6件)： Farmer Jenny (Department of Bioinformatics and Genomics, University of North Carolina at Charlotte, Charlotte, NC 28223, USA) ,  Kanwal Fareeha (Department of Bioinformatics and Genomics, University of North Carolina at Charlotte, Charlotte, NC 28223, USA) ,  Nikulsin Nikita (Department of Physics and Optical Science, University of North Carolina at Charlotte, Charlotte, NC 28223, USA) ,  Tsilimigras Matthew C. B. (Department of Bioinformatics and Genomics, University of North Carolina at Charlotte, Charlotte, NC 28223, USA) ,  Jacobs Donald J. (Department of Physics and Optical Science, University of North Carolina at Charlotte, Charlotte, NC 28223, USA) ,  Jacobs Donald J. (Center for Biomedical Engineering and Science, University of North Carolina at Charlotte, Charlotte, NC 28223, USA)
資料名： Entropy (Web)  (Entropy (Web))
巻： 19  号： 12  ページ： 646  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7179A  ISSN： 1099-4300  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子動力学シミュレーションは蛋白質動力学を調べるために一般的に用いられる。機能的機構と分子動力学(MD)軌跡の間の異なる時間スケールにもかかわらず,機能的差異は,突然変異の影響を調べる構造機能研究における2つの蛋白質間の立体配座集合の違いからしばしば推論される。動力学の差を定量化するための一般的な尺度は,Cα原子により定義される残基の平均位置についての二乗平均二乗ゆらぎ(RMSF)である。β-ラクタマーゼの3つの自然/突然変異体対を記述する6つのMDトラジェクトリーを用いて,Jensen-Shannon,Kullback-Leibler分岐の修正,および1-サンプルKolmogorov-Smirnov試験からの局所p値を含む付加的測度との比較を行った。これらの付加的測度は確率密度関数を知ることを必要とし,これは稀なイベントを良く定量化するノンパラメトリック最大エントロピー法を用いて推定する。同じ測度をCα-原子対間の距離ゆらぎに適用した。一対のMDトラジェクトリーの定量的比較のためのいくつかの実行からの結果を,オン残基と残基の局所動力学に対するゆらぎに基づいて作成した。非常に低いp値から明らかなように,中程度のサイズの蛋白質に関する100ns全原子シミュレーションの対の間には,ほとんど常に統計的に有意な差があると結論した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 突然変異 ,  軌跡 ,  ゆらぎ ,  トラジェクトリー ,  *類似性 ,  ノンパラメトリック法 ,  測度 ,  タンパク質 ,  *分子動力学 ,  β-ラクタマーゼ ,  *計算機シミュレーション ,  確率密度関数 ,  立体配座
準シソーラス用語： p値 ,  残基 ,  *分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 分子動力学 ,  立体配座ゆらぎ ,  立体配座類似性測定 ,  p値 ,  統計的意義 ,  βラクタマーゼ ,  部位特異的変異

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  分子構造  (EB03020Y)

引用文献 (55件)：

• Kendrew, J.C.; Bodo, G.; Dintzis, H.M.; Parrish, R.G.; Wyckoff, H.; Phillips, D.C. A three-dimensional model of the myoglobin molecule obtained by X-ray analysis. Nature 1958, 181, 662-666.
• Protein Data Bank Statistics. Available online: http://pdbbeta.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_information/pdb_statistics/index.html (accessed on 15 July 2017).
• Zhang, M.; Tanaka, T.; Ikura, M. Calcium-induced conformational transition revealed by the solution structure of apo calmodulin. Nat. Struct. Mol. Biol. 1995, 2, 758-767.
• McCallum, S.A.; Hitchens, T.K.; Torborg, C.; Rule, G.S. Ligand-induced changes in the structure and dynamics of a human class mu glutathione S-transferase. Biochemistry 2000, 39, 7343-7356.
• McCammon, J.A.; Gelin, B.R.; Karplus, M. Dynamics of folded proteins. Nature 1977, 267, 585-590.

タイトルに関連する用語 (5件)： 分子動力学シミュレーション ,  軌道 ,  類似性 ,  定量化 ,  統計