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J-GLOBAL ID：201902275222625563   整理番号：19A1806135

反復的に大きいヘテロ特異コイル集合を創るための計算予測と設計【JST・京大機械翻訳】

Computational Prediction and Design for Creating Iteratively Larger Heterospecific Coiled Coil Sets

著者 (4件)： Crooks Richard O. (Department of Biology and Biochemistry, University of Bath, U.K.) ,  Lathbridge Alexander (Department of Biology and Biochemistry, University of Bath, U.K.) ,  Panek Anna S. (Department of Biology and Biochemistry, University of Bath, U.K.) ,  Mason Jody M. (Department of Biology and Biochemistry, University of Bath, U.K.)
資料名： Biochemistry  (Biochemistry)
巻： 56  号： 11  ページ： 1573-1584  発行年： 2017年 
JST資料番号： B0270B  ISSN： 0006-2960  CODEN： BICHAW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 主要な生化学的目標は,高度に特異的な蛋白質-蛋白質相互作用(PPIs)を工学的に模倣する能力である。著者らは以前に,32の潜在的なオフターゲットにもかかわらず,4つのヘテロ特異的二量体を形成する8つのペプチドを同定するために,計算機間スクリーニングを考案した。著者らのアプローチとPPIツールキットの速度と有用性を拡大するために,著者らは,反平行オフターゲットに対して指向しながら,はるかに大きなヘテロ特異的セット(≧24ペプチド)を誘導するための新しいソフトウェアを開発した。それは,コア,静電,および螺旋状の傾向成分に基づいて,あらゆる二量体に対するT_m値を予測することによって研究される。これらのガイド相互作用の特異性は,ヘテロ特異的コイル(CC)セットを増分的に組み立てることを可能にする。予測精度を,円偏光二色性とサイズ排除クロマトグラフィーを用いて実験的に検証した。22-CC訓練セットからの熱変性データを用いてソフトウェア予測精度を改善し,8つの予測ヘテロ特異的二量体と128のオフターゲットから成る136-CC試験セットを用いて検証した。得られたソフトウェア,qCIPAは,個々にコアa-a′(II/NN/NI)と静電G-E′+1(EE/EK/KK)成分を含む。拡張データセットは,他のエネルギー的に等価なCCsに対する新しいシーケンスコンテキストルールをもたらした。例えば,螺旋内静電電荷ブロックの導入は,設計されたCCに対する安定性を増加させたが,同時にオフターゲットCCの安定性を減少させた。予測精度と速度の増加と組み合わせて,このアプローチは,構造的に無関係なPPIsに特異性を課すために,より一般的に,下流の化学的および合成生物学的応用の広い範囲に適用できる。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 生化学 ,  サイズ排除クロマトグラフィー ,  ペプチド ,  ソフトウェア ,  熱変性 ,  *予測 ,  電荷 ,  m値 ,  二量体 ,  計算機械 ,  相互作用 ,  スクリーニング
準シソーラス用語： 予測精度 ,  特異性 ,  ツールキット , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F)

タイトルに関連する用語 (5件)： 反復 ,  集合 ,  計算 ,  予測 ,  設計