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J-GLOBAL ID：201902275307773411   整理番号：19A1808134

Freesolvデータベースの更新により実証された溶媒和自由エネルギーとエンタルピーを計算するためのアプローチ【JST・京大機械翻訳】

Approaches for Calculating Solvation Free Energies and Enthalpies Demonstrated with an Update of the FreeSolv Database

著者 (7件)： Duarte Ramos Matos Guilherme (Department of Chemistry, University of California, California, United States) ,  Kyu Daisy Y. (Department of Pharmaceutical Sciences, University of California, California, United States) ,  Loeffler Hannes H. (Scientific Computing Department, STFC, U.K.) ,  Chodera John D. (Computational and Systems Biology Program, Sloan Kettering Institute, New York, United States) ,  Shirts Michael R. (Department of Chemical and Biological Engineering, University of Colorado, Colorado, United States) ,  Mobley David L. (Department of Chemistry, University of California, California, United States) ,  Mobley David L. (Department of Pharmaceutical Sciences, University of California, California, United States)
資料名： Journal of Chemical & Engineering Data  (Journal of Chemical & Engineering Data)
巻： 62  号： 5  ページ： 1559-1569  発行年： 2017年 
JST資料番号： D0035B  ISSN： 0021-9568  CODEN： JCEAAX  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 溶媒和自由エネルギーは分子シミュレーションから正確に計算でき,これらのシミュレーションの基礎となるエネルギー関数の価値ある試験を提供する。ここでは,分子シミュレーションから小,中性有機分子の溶媒和自由エネルギーを計算するための「化学的」アプローチを簡単にレビューし,それらを水性溶媒和自由エネルギー(水和自由エネルギー)の計算に適用することによりこれらのアプローチを説明した。これらのアプローチは,シミュレーションまたはシミュレーションのセットから自由エネルギー差を計算するために非物理的経路を使用し,このタスクのための特にロバストで汎用的なアプローチであるように見える。また,中性化合物の実験および計算水和自由エネルギーのFreeSolvデータベースに対する最新版(バージョン0.5)を提示し,いくつかのシミュレーションパッケージに対するフォーマットにおける入力ファイルを提供した。FreeSolvへのこの修正は,データベースの以前のバージョンで使用された不均一プロトコルよりも,単一プロトコルとソフトウェアバージョンで生成された計算値を提供する。さらに,計算したエンタルピーと水和のエントロピーおよびいくつかの実験的エンタルピーとエントロピー,ならびに溶媒和自由エネルギーの静電および非極性成分を与えるためのデータベースを更新した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 有機化合物 ,  非極性 ,  エントロピー ,  シミュレーション ,  *エンタルピー ,  *データベース ,  *溶媒和 ,  水和 ,  ソフトウェア ,  ロバスト性 ,  *自由エネルギー
準シソーラス用語： 計算値 ,  中性 ,  エネルギー関数 ,  分子シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 化合物の化学熱力学(純物質)  (CB02023O) ,  化合物の化学熱力学(混合系)  (CB02033Z)

タイトルに関連する用語 (7件)： データベース ,  更新 ,  実証 ,  溶媒和 ,  自由エネルギー ,  エンタルピー ,  計算