文献

J-GLOBAL ID：201902275482939608   整理番号：19A1139839

全ゲノム配列データを用いたHanwoo特異的構造変異の研究【JST・京大機械翻訳】

Investigation of Hanwoo-specific structural variations using whole-genome sequencing data

著者 (10件)： Park Jangho (Department of Nanobiomedical Science and BK21 PLUS NBM Global Research Center for Regenerative Medicine, Dankook University, Cheonan, Republic of Korea) ,  Shin Wonseok (Department of Nanobiomedical Science and BK21 PLUS NBM Global Research Center for Regenerative Medicine, Dankook University, Cheonan, Republic of Korea) ,  Mun Seyoung (Department of Nanobiomedical Science and BK21 PLUS NBM Global Research Center for Regenerative Medicine, Dankook University, Cheonan, Republic of Korea) ,  Oh Man Hwan (Department of Nanobiomedical Science and BK21 PLUS NBM Global Research Center for Regenerative Medicine, Dankook University, Cheonan, Republic of Korea) ,  Lim Dajeong (Animal Genomics and Bioinformatics Division, Wanju-gun, Jeollabuk-do, Republic of Korea) ,  Oh Dong-Yep (Livestock Research Institute, Yeongju, Gyeongbuk, Republic of Korea) ,  Bhak Youngjune (Department of Biomedical Engineering, School of Life sciences, Ulsan National Institute of Science and Technology (UNIST), Ulsan, Republic of Korea) ,  Bhak Jong (Department of Biomedical Engineering, School of Life sciences, Ulsan National Institute of Science and Technology (UNIST), Ulsan, Republic of Korea) ,  Park Yong-Soo (Department of Equine Industry, Korea National College of Agriculture and Fisheries, Jeonju, Republic of Korea) ,  Han Kyudong (Department of Nanobiomedical Science and BK21 PLUS NBM Global Research Center for Regenerative Medicine, Dankook University, Cheonan, Republic of Korea)
資料名： Genes & Genomics  (Genes & Genomics)
巻： 41  号： 2  ページ： 233-240  発行年： 2019年 
JST資料番号： W4382A  ISSN： 2092-9293  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ウシゲノムの全長は約3億塩基対である。ウシゲノムの約半分(46.5%)は,転移性要素(TE)から構成されている。TEは,ウシ品種間のゲノム構造変化(SV)の主要源である可能性がある。これらのSVは,種間のゲノム流動性と再編成をもたらした。TE仲介挿入及び欠失事象はウシゲノムに強い影響を及ぼした。本研究では,12のHanwooゲノム再配列データに共通するTE仲介欠失事象を調べることを目的とした。著者らは,ウシ参照ゲノム(Bos taurus_UMD_3.1.1)と6つの他のオープンソースデータ(2つのJersey,2つのホルスタイン,2つのAngus)によって,12のHanwooゲノム再配列データを比較した。BreakDerプログラムを用いることにより,12のHanwooゲノムに対する一般的SVを検出した。全部で299のHanwo特異的SV候補を検出した。それらの中で,56のHanwo特異的TE仲介欠失候補遺伝子座をPCRとSanger配列決定により検証した。最終的に,著者らは,1つの遺伝子座,DEL_96を同定した。それは,真正のHanwo特異的欠失である。DEL_96イベントは,LINE(BovB)と1bpのマイクロ相同性を有する独特の配列の間の非対立遺伝子相同末端結合によって起こった。370bp欠失イベントは,Hanwooとホルスタイン系統の分岐後に,Hanwoo個体だけにあるように思われた。著者らの研究は,SVsの1つ,TE介在欠失が,Hanwooとホルスタインの間を区別するための分子マーカーとして利用できることを示した。Copyright 2018 The Genetics Society of Korea Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 対立遺伝子 ,  品種 ,  *変異 ,  相同性 ,  *ゲノム ,  塩基対 ,  再編成 ,  ホルスタイン ,  転移性遺伝要素
準シソーラス用語： 構造変化 ,  分子マーカー ,  LINE ,  オープンソース ,  ゲノム再編成 ,  *ゲノム配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 構造変化 ,  転移性要素 ,  Te媒介欠失 ,  分子マーカー

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  牛  (FD02020Y)

タイトルに関連する用語 (3件)： ゲノム配列 ,  変異 ,  研究