文献

J-GLOBAL ID：201902275780014060   整理番号：19A1651503

腫瘍および正常サンプルにおけるRNAエディソームのゲノム位置解剖【JST・京大機械翻訳】

Genomic Positional Dissection of RNA Editomes in Tumor and Normal Samples

著者 (10件)： Chigaev Michael (Department of Internal Medicine, The University of New Mexico, Albuquerque, NM, United States) ,  Yu Hui (Department of Internal Medicine, The University of New Mexico, Albuquerque, NM, United States) ,  Samuels David C. (Department of Molecular Physiology and Biophysics, Vanderbilt Genetics Institute, Vanderbilt University School of Medicine, Nashville, TN, United States) ,  Sheng Quanhu (Department of Biostatistics, Vanderbilt University Medical Center, Nashville, TN, United States) ,  Oyebamiji Olufunmilola (Department of Internal Medicine, The University of New Mexico, Albuquerque, NM, United States) ,  Ness Scott (Department of Internal Medicine, The University of New Mexico, Albuquerque, NM, United States) ,  Yue Wei (Department of Internal Medicine, The University of New Mexico, Albuquerque, NM, United States) ,  Zhao Ying-yong (Key Laboratory of Resource Biology and Biotechnology in Western China, School of Life Sciences, Northwest University, Xi’an, China) ,  Guo Yan (Department of Internal Medicine, The University of New Mexico, Albuquerque, NM, United States) ,  Guo Yan (Key Laboratory of Resource Biology and Biotechnology in Western China, School of Life Sciences, Northwest University, Xi’an, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 10  ページ： 211  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNA編集は,蛋白質コード化と非コードRNAの両方で起こる現象である。増加する証拠は,アデノシンからイノシンへのRNA編集がゲノム全体を通して実質的な機能的効果を潜在的にレンダリングできることを示している。2つの大コンソーシアムからのRNA編集データセットを用いて,癌ゲノムアトラス(TCGA)と遺伝子型-課題発現(GTEx)プロジェクト,腫瘍または正常組織から誘導されたヒト全ゲノムRNA編集イベントを定量的に分析した。一般的に,通常のRNA編集部位は正常試料と比較して腫瘍においてより高い編集レベルを有する傾向がある。検討した14の腫瘍-正常対癌型のうち,試験した14の癌の11は腫瘍において全体的にRNA編集レベルを増加させた。癌または正常組織における編集は,ゲノム位置によって解剖されて,有意なRNA編集位置差は,癌性および健常被験者の間で見つかった。さらに,著者らの結果は,染色体に沿ったRNA編集率と遺伝子密度との間の有意な相関を示し,染色体に沿ったRNA編集速度の可視化を通してハイパーRNA編集クラスターを強調し,癌予後予測因子の大部分を占めるハイパーRNA編集遺伝子(蛋白質コード遺伝子,lincRNAおよび偽遺伝子)を同定した。本研究は,蛋白質コード遺伝子におけるRNA編集の潜在的機能的効果を強化し,また,非コード領域におけるRNA編集の役割のさらなる探索のための強い基礎を作る。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子型 ,  タンパク質 ,  可視化 ,  ヒト ,  *腫瘍 ,  *解剖 ,  *RNA【核酸】 ,  染色体 ,  編集 ,  遺伝子 ,  RNAエディティング ,  *ゲノム ,  クラスタ
準シソーラス用語： 非翻訳領域 ,  非翻訳RNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： RNAエディティング ,  A-to-I ,  アデノシンへのアデノシン ,  癌 ,  非コードRNA ,  TCGA ,  GTEX

分類 (4件)： 遺伝的変異  (EC01030Y) ,  遺伝子操作  (EC02050B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (37件)：

• Alseth I., Dalhus B., Bjoras M. (2014). Inosine in DNA and RNA. Curr. Opin. Genet. Dev. 26 116-123. doi: 10.1016/j.gde.2014.07.008
• Bass B. L., Weintraub H. (1987). A developmentally regulated activity that unwinds RNA duplexes. Cell 48 607-613. doi: 10.1016/0092-8674(87)90239-X
• Bazak L., Haviv A., Barak M., Jacob-Hirsch J., Deng P., Zhang R., et al (2014). A-to-I RNA editing occurs at over a hundred million genomic sites, located in a majority of human genes. Genome Res. 24 365-376. doi: 10.1101/gr.164749.113
• Birdsill A. C., Walker D. G., Lue L. F., Sue L. I., Beach T. G. (2011). Postmortem interval effect on RNA and gene expression in human brain tissue. Cell Tissue Bank. 12 311-318. doi: 10.1007/s10561-010-9210-8
• Borchert G. M., Gilmore B. L., Spengler R. M., Xing Y., Lanier W., Bhattacharya D., et al (2009). Adenosine deamination in human transcripts generates novel microRNA binding sites. Hum. Mol. Genet. 18 4801-4807. doi: 10.1093/hmg/ddp443

タイトルに関連する用語 (5件)： 腫瘍 ,  サンプル ,  RNA ,  ゲノム ,  解剖