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J-GLOBAL ID：201902276492209814   整理番号：19A0710789

異質倍数体油性海洋珪藻Fistulifera solarisにおけるホモログ発現バイアス【JST・京大機械翻訳】

Homoeolog expression bias in allopolyploid oleaginous marine diatom Fistulifera solaris

著者 (7件)： Nomaguchi Tatsuhiro (Department of Advanced Science and Engineering, Graduate School of Advanced Science and Engineering, Waseda University, Tokyo, Japan) ,  Maeda Yoshiaki (Division of Biotechnology and Life Science, Institute of Engineering, Tokyo University of Agriculture and Technology, Tokyo, Japan) ,  Yoshino Tomoko (Division of Biotechnology and Life Science, Institute of Engineering, Tokyo University of Agriculture and Technology, Tokyo, Japan) ,  Asahi Toru (Department of Advanced Science and Engineering, Graduate School of Advanced Science and Engineering, Waseda University, Tokyo, Japan) ,  Tirichine Leila (Ecole Normale Superieure, PSL Research University, Institut de Biologie de l’Ecole Normale Superieure (IBENS), CNRS UMR 8197, INSERM U1024, Paris, France) ,  Bowler Chris (Ecole Normale Superieure, PSL Research University, Institut de Biologie de l’Ecole Normale Superieure (IBENS), CNRS UMR 8197, INSERM U1024, Paris, France) ,  Tanaka Tsuyoshi (Division of Biotechnology and Life Science, Institute of Engineering, Tokyo University of Agriculture and Technology, Tokyo, Japan)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 19  号： 1  ページ： 330  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 異質倍数性は,多様な親種から誘導される染色体の2つ以上のセットが生物内に共存するゲノム構造である。それは,遺伝的変異の重要な供給源として,植物における一般的なゲノム構成であり,また,環境適応性をしばしば混乱させ,作物生産性を増加させる。著者らは以前に,生物燃料生産のための有望な宿主となり,真核生物微細藻類においてこれまでに報告されていなかった異質倍数体であることを報告した。しかしながら,F.Solarisにおける異質倍数性の研究は,珪藻ゲノム参照の不足により,それらの祖先起源に基づくホモe遺伝子の分類の困難さにより妨げられた。本研究では,F.Solarisの異質倍数体ゲノムを,各相同遺伝子対におけるGC含量とコドン頻度に基づく配列分析を用いて,2つの偽親サブゲノムに暫定的に分類した。このアプローチは,ゲノムを2つの異なる画分,サブゲノムFSO_hとFSO_lに明確に分離し,それはまた,異質倍数体サブゲノムを区別するためのコドン利用分析の有効性を示した。その後の相同発現バイアス分析により,両サブゲノムは全体的転写に寄与しているが,相同遺伝子対の約61%にサブゲノム選択性があり,これらの遺伝子の大部分は脂質蓄積時に特異的サブゲノムに対して連続的バイアスを示すことを明らかにした。さらなるプロモーター分析はホモe遺伝子の偏った転写に関与するプロモーターモチーフの可能性を示した。これらのサブゲノム選択性の中で,脂質代謝経路に関与する遺伝子は,生合成と分解経路が反対のサブゲノム選択性を示し,その前駆体の1つから誘導されたF.Solarisの油性特性が示唆された。著者らは,異質倍数体真核生物微小藻類F.Solarisにおける詳細なゲノム構造と発現パターンを報告する。報告された対立遺伝子特異的パターンはF.Solarisの油性特性に寄与する可能性があり,その前駆体の1つのロバストな油性特性を示唆する。著者らのデータは,進化研究にとって重要であるだけでなく,微細藻類における生物燃料生産にも有利であるかもしれない珪藻における異質倍数性の新しい側面を明らかにする。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 環境順応 ,  対立遺伝子 ,  前駆体 ,  *珪藻類 ,  *バイアス ,  コドン ,  生合成 ,  染色体 ,  ゲノム ,  生物燃料 ,  真核生物 ,  プロモーター領域
準シソーラス用語： 異質倍数性 ,  *ホモログ ,  *異質倍数体 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 異質倍数性 ,  Fistulifera solaris JPCC DA0580 ,  珪藻類 ,  偽親サブゲノム ,  ホモログ発現バイアス

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (80件)：

• Mol Biol Evol; Conserved but attenuated parental gene expression in allopolyploids: constitutive zinc Hyperaccumulation in the Allotetraploid Arabidopsis kamchatica; T Paape, M Hatakeyama, R Shimizu-Inatsugi, T Cereghetti, Y Onda, T Kenta, J Sese, KK Shimizu; 33; 11; 2016; 2781-2800; 10.1093/molbev/msw141; citation_id=CR1
• Trends Genet; Understanding mechanisms of novel gene expression in polyploids; TC Osborn, JC Pires, JA Birchler, DL Auger, ZJ Chen, HS Lee, L Comai, A Madlung, RW Doerge, V Colot; 19; 3; 2003; 141-147; 10.1016/S0168-9525(03)00015-5; citation_id=CR2
• Science; Genome plasticity a key factor in the success of polyploid wheat under domestication; J Dubcovsky, J Dvorak; 316; 5833; 2007; 1862-1866; 10.1126/science.1143986; citation_id=CR3
• Heredity (Edinb); Polyploidy and its effect on evolutionary success: old questions revisited with new tools; A Madlung; 110; 2; 2013; 99-104; 10.1038/hdy.2012.79; citation_id=CR4
• Nat Rev Genet; The advantages and disadvantages of being polyploid; L Comai; 6; 11; 2005; 836-846; 10.1038/nrg1711; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (7件)： 異質倍数体 ,  油性 ,  海洋 ,  珪藻 ,  Fistulifera ,  ホモログ ,  発現