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J-GLOBAL ID：201902276758845374   整理番号：19A1883649

T7 RNAポリメラーゼ転写伸長のプレ挿入チェックポイントにおけるヌクレオチド選択性【JST・京大機械翻訳】

Nucleotide Selectivity at a Preinsertion Checkpoint of T7 RNA Polymerase Transcription Elongation

著者 (3件)： E Chao (Beijing Computational Science Research Center, China) ,  Duan Baogen (Beijing Computational Science Research Center, China) ,  Yu Jin (Beijing Computational Science Research Center, China)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 121  号： 15  ページ： 3777-3786  発行年： 2017年 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ヌクレオチド選択は転写忠実度制御,特にウイルスT7RNAポリメラーゼ(RNAP)欠失活性の欠如に重要である。完全ヌクレオチド取り込み前に複数の速度論チェックポイントが存在することが認識されている。本研究では,強い原子論的分子動力学(MD)シミュレーションを実行し,ヌクレオチド選択がT7RNAPの伸長サイクルの最初のチェックポイントであるかどうかを定量化した。流入ヌクレオチドは,ヌクレオチド選択を助けるために,重要なチロシン残基が近くに位置するプレ挿入部位に結合する。非同族ヌクレオチドと前挿入配置における同族体との間の相対的結合自由エネルギーを,化学シミュレーションにより計算し,小さな選択自由エネルギーまたは結合自由エネルギー差(~3k_BT)が二つのヌクレオチド間に存在することを示した。実際に,非同族ヌクレオチドにより優先されるもう一つの挿入配置が同定され,それはさらなるヌクレオチド挿入のための経路であると思われ,さらにヌクレオチド選択を助ける。化学マスタ方程式(CME)アプローチにより,オフ経路非同族ヌクレオチドフィルタリングに沿った事前挿入サイトにおける小さな選択自由エネルギーが,誤差率を低減し,T7RNAP転写における伸長速度を維持するのに実質的に役立つことを示した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 分子動力学 ,  自由エネルギー ,  *RNA【核酸】 ,  マスタ方程式 ,  速度論 ,  シミュレーション ,  *ヌクレオチド
準シソーラス用語： 結合自由エネルギー ,  チロシン残基 ,  *チェックポイント , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (5件)： RNAポリメラーゼ ,  転写伸長 ,  チェックポイント ,  ヌクレオチド ,  選択性