文献

J-GLOBAL ID：201902278630972118   整理番号：19A1286464

細菌宿主における制限修飾系の確立に及ぼす個体群動態の影響【JST・京大機械翻訳】

Effects of Population Dynamics on Establishment of a Restriction-Modification System in a Bacterial Host

著者 (8件)： Graovac Stefan (Faculty of Biology, University of Belgrade, 11000 Belgrade, Serbia) ,  Graovac Stefan (Multidisciplinary PhD program in Biophysics, University of Belgrade, 11000 Belgrade, Serbia) ,  Rodic Andjela (Faculty of Biology, University of Belgrade, 11000 Belgrade, Serbia) ,  Rodic Andjela (Multidisciplinary PhD program in Biophysics, University of Belgrade, 11000 Belgrade, Serbia) ,  Djordjevic Magdalena (Institute of Physics Belgrade, University of Belgrade, 11080 Belgrade, Serbia) ,  Severinov Konstantin (Waksman Institute of Microbiology, Rutgers University, Piscataway, NJ 08854, USA) ,  Severinov Konstantin (Center for Life Sciences, Skolkovo Institute of Science and Technology, Skolkovo 143026, Russia) ,  Djordjevic Marko (Faculty of Biology, University of Belgrade, 11000 Belgrade, Serbia)
資料名： Molecules (Web)  (Molecules (Web))
巻： 24  号： 1  ページ： 198  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7014A  ISSN： 1420-3049  CODEN： MOLEFW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 細菌細胞における蛋白質レベルのin vivo動態は,細胞内調節と関連する集団動態の両方に依存する。しかし,細胞とプラスミド分裂速度の間の相互作用のような個体群動態効果は,遺伝子発現調節のモデリングにおいてしばしば無視される。モデルにおけるそれらを含むことは,動的方程式によって共有される付加的パラメータを導入して,それはパラメータ推論の次元を著しく増加させることができた。ここでは,細菌制限-修飾(R-M)システムの事例に対するこれらの影響の重要性を分析した。著者らは,熱力学的および動的システムモデリングフレームワークに基づいて,このシステム遺伝子発現調節の著者らの以前の最小モデルを再開発し,集団動力学効果を含めた。動的方程式の効果的結合の問題を解決するために,個々の分子種の発現動力学データにそれらを別々に適合させることによって,時間におけるパラメータの部分のみを決定することを可能にする平均場様手順を提案した。細胞分裂の速度論とプラスミド複製の間の相互作用を含むことが実験的測定を説明するために必要であることを示した。さらに,個体群動態効果を無視することにより,非存在制御機構を誤って同定することができる。著者らの結果は,動的データから細胞内調節を逆転させるための進歩した方法を呼び,それはまた集団動力学効果を考慮に入れるであろう。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： モデリング ,  再開発 ,  プラスミド ,  *細菌 ,  相互作用 ,  動的系 ,  パラメータ ,  熱力学 ,  *ポピュレーションダイナミックス ,  モデル ,  細胞分裂 ,  速度論
準シソーラス用語： 制御機構 ,  遺伝子発現調節 ,  細菌細胞 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 制限修飾システム ,  細菌集団動態 ,  遺伝子発現制御 ,  統計熱力学 ,  転写調節

分類 (2件)： 生薬の薬理の基礎研究  (GX06020J) ,  薬物の相互作用  (GV01070X)

引用文献 (34件)：

• Longo, D.; Hasty, J. Dynamics of single-cell gene expression. Mol. Syst. Biol. 2006, 2, 64-73.
• Ohno, M.; Karagiannis, P.; Taniguchi, Y. Protein expression analyses at the single cell level. Molecules 2014, 19, 13932-13947.
• Elowitz, M.B.; Leibler, S. A synthetic oscillatory network of transcriptional regulators. Nature 2000, 403, 335-338.
• Rosenfeld, N.; Young, J.W.; Alon, U.; Swain, P.S.; Elowitz, M.B. Gene regulation at the single-cell level. Science 2005, 307, 1962-1965.
• Young, J.W.; Locke, J.C.; Altinok, A.; Rosenfeld, N.; Bacarian, T.; Swain, P.S.; Mjolsness, E.; Elowitz, M.B. Measuring single-cell gene expression dynamics in bacteria using fluorescence time-lapse microscopy. Nat. Protoc. 2012, 7, 80-97.

タイトルに関連する用語 (4件)： 細菌 ,  宿主 ,  制限修飾系 ,  個体群動態