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J-GLOBAL ID：201902278926702966   整理番号：19A1883620

α/β蛋白質のためのAAWSEMによる蛋白質折畳みと構造予測【JST・京大機械翻訳】

Protein Folding and Structure Prediction from the Ground Up II: AAWSEM for α/β Proteins

著者 (14件)： Chen Mingchen (Center for Theoretical Biological Physics, Rice University, Texas, United States) ,  Chen Mingchen (Department of Bioengineering, Rice University, Texas, United States) ,  Lin Xingcheng (Center for Theoretical Biological Physics, Rice University, Texas, United States) ,  Lin Xingcheng (Department of Physics and Astronomy, Rice University, Texas, United States) ,  Lu Wei (Center for Theoretical Biological Physics, Rice University, Texas, United States) ,  Lu Wei (Department of Physics and Astronomy, Rice University, Texas, United States) ,  Onuchic Jose N. (Center for Theoretical Biological Physics, Rice University, Texas, United States) ,  Onuchic Jose N. (Department of Physics and Astronomy, Rice University, Texas, United States) ,  Onuchic Jose N. (Department of Chemistry, Rice University, Texas, United States) ,  Onuchic Jose N. (Department of Biosciences, Rice University, Texas, United States) ,  Wolynes Peter G. (Center for Theoretical Biological Physics, Rice University, Texas, United States) ,  Wolynes Peter G. (Department of Chemistry, Rice University, Texas, United States) ,  Wolynes Peter G. (Department of Physics and Astronomy, Rice University, Texas, United States) ,  Wolynes Peter G. (Department of Biosciences, Rice University, Texas, United States)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 121  号： 15  ページ： 3473-3482  発行年： 2017年 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 原子論的会合メモリ,水媒介,構造及びエネルギーモデル(AAWSEM)は,蛋白質の長いセグメントの全原子シミュレーションから導いた構造情報を用いて,配列エネルギーバイアスに局所的に組み込まれた移動可能な三次相互作用を持つ効率的な粗粒力場である。αヘリックス蛋白質に対して,AAWSEMを用いた構造予測の精度が以前に確立された。本論文では,α/β蛋白質の構造を予測するAAWSEMの能力を調べた。また,フラグメントメモリとしてAAWSEMシミュレーションの最初のラウンドから構造を用いる反復アプローチについても詳述した。この反復スキームは構造予測の品質を改善し,自由エネルギープロファイルを自然配置に向けてより多くのものにする。様々な構造予測モデルにおける信頼性を評価する方法として,クラスタリング解析の使用を調べた。予測した構造アンサンブルの局所相対次数パラメータ(相互Q)を用いたクラスタリングは最適であることが分かった。一般的に相互Qに従った試験クラスタは最も正確に折畳まれた構造を持っている。生物情報学的入力がないので,AAWSEMは,全原子シミュレーションから得られる局所構造精度と粗粒シミュレーションの効率を結合するab initio蛋白質構造予測法に相当する。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： クラスタ ,  自由エネルギー ,  力の場 ,  クラスタ化 ,  *アミロイドβタンパク質 ,  シミュレーション ,  品質 ,  記憶装置 ,  *タンパク質
準シソーラス用語： 局所構造 ,  次数 ,  αヘリックス ,  粗粒子 ,  原子論的シミュレーション ,  *構造予測 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (3件)： β蛋白質 ,  蛋白質折畳み ,  構造予測