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J-GLOBAL ID：201902280463686723   整理番号：19A1227505

腸ウイルスのSangerシークエンシング結果を,sheIIスクリプトを用いてバッチ的に分析した。【JST・京大機械翻訳】

Application of shell script in batch processing for Sanger sequencing results of enteroviruses

著者 (6件)： Wang Bin (北京市疾病預防控制中心北京市預防医学研究中心伝染病地方病控制所 100013) ,  Li Jie (北京市疾病預防控制中心北京市預防医学研究中心伝染病地方病控制所 100013) ,  Liang Zhichao (北京市疾病預防控制中心北京市預防医学研究中心伝染病地方病控制所 100013) ,  Yang Yang (北京市疾病預防控制中心北京市預防医学研究中心伝染病地方病控制所 100013) ,  Liu Yuan (北京市疾病預防控制中心北京市預防医学研究中心伝染病地方病控制所 100013) ,  Lin Zhangying (北京市疾病預防控制中心北京市預防医学研究中心伝染病地方病控制所 100013)
資料名： Guoji Bingdu Xue Zazhi  (Guoji Bingdu Xue Zazhi)
巻： 26  号： 1  ページ： 45-49  発行年： 2019年 
JST資料番号： C3936A  ISSN： 1673-4092  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 目的:shellスクリプトを編集し、コクサッキーウイルスなどのエンテロウイルスSangerシークエンシング結果のデータ処理と比較分析を一括して完成し、後続の仕事にデータファイルを準備する。【方法】コクサッキーウイルスなどのエンテロウイルスVP1遺伝子シークエンシングファイルを,手作業分析プログラムを準備するために選択し,次に,この手順を,phred,P,B,およびDの手順によって,プログラムした。phd2fastaとphrapなどの3つのソフトウェアと単機版NCBI-BLASTソフトウェアは、塩基識別から配列アラインメントまでのすべての仕事を完成できる。比較終了後,Linux命令を用いて情報を選択し,サンプルとマッチングシーケンスの名前ファイル,遺伝子型,および後続分析のためのシーケンスファイルを生成した。MEGA6.0ソフトウェアを使用して,手作業解析から得た配列とshelスクリプトから計算した配列の間の類似性を比較し,shellスクリプト分析の信頼性を評価した。結果:shellスクリプトを用いてすべての機能を完成できる。Shellスクリプト計算と手作業分析のアラインメント結果は完全に一致した。結論:shellスクリプト分析は、シークエンシング結果の分析において、反復作業時間がかかる時間を短縮し、研究者が更なる配列分析に重点を置いた。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ロット ,  データ処理 ,  エンテロウイルス ,  コクサッキーウイルス ,  類似性 ,  ソフトウェア ,  Linux ,  アラインメント ,  遺伝子型 ,  遺伝子 ,  マッチング
準シソーラス用語： 配列アライメント ,  BLAST ,  *スクリプト ,  *配列解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Shell script ,  Sanger sequencing ,  Hand ,  foot ,  and mouth disease ,  Enterovirus

分類 (1件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

タイトルに関連する用語 (6件)： 腸 ,  ウイルス ,  Sangerシークエンシング ,  スクリプト ,  バッチ ,  分析