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J-GLOBAL ID：201902280581736642   整理番号：19A1549948

Yenyuanストリームサンショウウオ(Batrachuperus yenyuanensis)の最初のトランスクリプトーム集合はその分子進化への新しい洞察を提供する【JST・京大機械翻訳】

The First Transcriptome Assembly of Yenyuan Stream Salamander (Batrachuperus yenyuanensis) Provides Novel Insights into Its Molecular Evolution

著者 (4件)： Xiong Jianli (Laboratory of Adaptation and Evolution of Aquatic Animals, College of Animal Science and Technology, Henan University of Science and Technology, Luoyang 471023, China) ,  Lv Yunyun (BGI Education Center, University of Chinese Academy of Sciences, Shenzhen 518083, China) ,  Huang Yong (Laboratory of Adaptation and Evolution of Aquatic Animals, College of Animal Science and Technology, Henan University of Science and Technology, Luoyang 471023, China) ,  Liu Qiangqiang (Laboratory of Adaptation and Evolution of Aquatic Animals, College of Animal Science and Technology, Henan University of Science and Technology, Luoyang 471023, China)
資料名： International Journal of Molecular Sciences (Web)  (International Journal of Molecular Sciences (Web))
巻： 20  号： 7  ページ： 1529  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7038A  ISSN： 1422-0067  CODEN： IJMCFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Yenyuan ストリーム salamander(Batrachuperus yenyuanensis)は,系統発生,個体群遺伝学,および血液学に関して以前に評価されてきた。しかし,ゲノム情報は,高度に反復配列を含むsalamandersの巨大なゲノムサイズのためにまばらであり,完全な参照ゲノムの欠如をもたらす。本研究は,コード化遺伝的配列を評価し,肝臓,精子,筋肉および脾臓組織からの混合試料に基づくYenyuanストリームsalamanderの最初のトランスクリプトーム集合を提供する。このトランスクリプトーム集合および他の脊椎動物からの利用可能なコード配列を用いて,遺伝子ファミリー,系統発生状態および種の分岐時間を比較または推定した。全部で13750のコード配列を,Yenyuanストリームsalamanderのトランスクリプトーム集合から得ることに成功し,テトラポッドデータベースに代表される単一遺伝子の40.1%を含むと推定した。これらの遺伝子の合計88.79%が,現在のデータベースによって生物学的機能に注釈付けられた。遺伝子ファミリークラスタリングを通して,著者らは,配列類似性に基づく再生に関連するScribble遺伝子の複数の可能なアイソフォームを見出した。一方,56の単一コピーオーソログに基づくロバストな系統樹を構築し,系統発生的位置に基づいて,Yenyuanストリームsalamanderが,調査した脊椎動物の中国の巨大サンショウウオ(Andrias davidianus)と最も密接な関係を示すことを示した。化石較正系統発生に基づいて,著者らは,祖先のYenyuan河川salamanderと中国の巨大なsalamanderの間の系統相違が,白亜紀の期間(~78.4百万年前)の間に起こった可能性があると推定した。結論として,本研究は将来における再生の顕著な能力を探究するために価値がある候補遺伝子を提供するだけでなく,この最初のトランスクリプトーム集合によるYenyuanストリームsalamanderの理解への興味ある洞察を与える。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  反復配列 ,  精子 ,  *分子進化 ,  データベース ,  *トランスクリプトーム ,  系統樹 ,  化石 ,  系統発生 ,  脊椎動物 ,  脾臓 ,  ゲノム ,  遺伝
準シソーラス用語： 候補遺伝子 ,  アイソフォーム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： サンショウウオ ,  トランスクリプトーム ,  再生 ,  発散

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (58件)：

• Liu, C. Amphibians of Western China. Fieldiana, Zoology Memoires Val.2; Chicago Natura History Museum: Chicago, IL, USA, 1950; pp. 1-397.
• Fei, L.; Hu, S.; Ye, C.; Huang, Y. Fauna Sinica, Amphibia Vol. 1; Science Press: Beijing, China, 2006. (In Chinese)
• Fu, J.; Wang, Y.; Zeng, X.; Liu, Z.; Zheng, Y. Genetic Diversity of Eastern Batrachuperus (Caudata: Hynobiidae). Copeia 2001, 2001, 1100-1107.
• [Green Version] Fu, J.; Zeng, X. How Many Species Are in the Genus Batrachuperus? A Phylogeographical Analysis of the Stream Salamanders (Family Hynobiidae) from Southwestern China. Mol. Ecol. 2008, 17, 1469-1488.
• Lu, B.; Zheng, Y.; Murphy, R.W.; Zeng, X. Coalescence Patterns of Endemic Tibetan Species of Stream Salamanders (Hynobiidae: Batrachuperus). Mol. Ecol. 2012, 21, 3308-3324.

タイトルに関連する用語 (6件)： ストリーム ,  サンショウウオ ,  トランスクリプトーム ,  集合 ,  分子進化 ,  洞察