文献

J-GLOBAL ID：201902281279343763   整理番号：19A0711301

制限修飾系の認識部位の回避は原核生物ウイルスの普遍的な抗制限戦略ではなく広範である【JST・京大機械翻訳】

Avoidance of recognition sites of restriction-modification systems is a widespread but not universal anti-restriction strategy of prokaryotic viruses

著者 (14件)： Rusinov I. S. (Belozersky Institute of Physical and Chemical Biology, Lomonosov Moscow State University, Moscow, Russia) ,  Ershova A. S. (Belozersky Institute of Physical and Chemical Biology, Lomonosov Moscow State University, Moscow, Russia) ,  Ershova A. S. (Gamaleya National Research Center of Epidemiology and Microbiology of the Ministry of Health of the Russian Federation, Moscow, Russia) ,  Ershova A. S. (All-Russia Research Institute of Agricultural Biotechnology, Moscow, Russia) ,  Karyagina A. S. (Belozersky Institute of Physical and Chemical Biology, Lomonosov Moscow State University, Moscow, Russia) ,  Karyagina A. S. (Gamaleya National Research Center of Epidemiology and Microbiology of the Ministry of Health of the Russian Federation, Moscow, Russia) ,  Karyagina A. S. (All-Russia Research Institute of Agricultural Biotechnology, Moscow, Russia) ,  Spirin S. A. (Belozersky Institute of Physical and Chemical Biology, Lomonosov Moscow State University, Moscow, Russia) ,  Spirin S. A. (Faculty of Bioengineering and Bioinformatics, Lomonosov Moscow State University, Moscow, Russia) ,  Spirin S. A. (National Research University Higher School of Economics, Moscow, Russia) ,  Spirin S. A. (Institute of System Studies, Moscow, Russia) ,  Alexeevski A. V. (Belozersky Institute of Physical and Chemical Biology, Lomonosov Moscow State University, Moscow, Russia) ,  Alexeevski A. V. (Faculty of Bioengineering and Bioinformatics, Lomonosov Moscow State University, Moscow, Russia) ,  Alexeevski A. V. (Institute of System Studies, Moscow, Russia)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 19  号： 1  ページ： 885  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 制限-修飾(R-M)システムはバクテリオファージと古細菌ウイルスによる攻撃から細菌と古細菌を保護する。R-M系は外来DNAの短い部位を特異的に認識し,それを切断するが,宿主DNAのそのような部位はメチル化により保護される。原核生物ウイルスはこの宿主防御を克服する多くの戦略を開発した。最も単純な抗制限戦略は,ウイルスゲノムにおける認識部位の除去である:NO部位,DNA切断ではない。認識部位数の減少でも,この型の宿主防御を克服するウイルスを助けることができる。認識部位回避は,数十年にわたり原核生物ウイルスの既知の抗制限戦略である。しかしながら,認識サイト回避は現在利用可能なシーケンスデータで系統的に研究されていない。既知の宿主種を持つほぼ4000の原核生物ウイルスの完全ゲノムを解析し,認識部位回避に関して既知の特異性を持つ17,000以上の制限エンドヌクレアーゼを解析した。著者らは,反制限戦略として認識部位回避のかなりの限界を観察した。すなわち,認識部位の回避は,dsDNAとssDNA原核生物ウイルスに特異的である。回避は温帯のゲノムよりも非温帯バクテリオファージのゲノムにおいてより顕著である。タイプIおよびタイプIIGシステムのサイトでは回避は観察されず,タイプIIIシステムのサイトでは非常にまれに観察された。回避事例の大部分は,正統II型制限-修正システムの認識サイトに関連している。これらの制約下でも,ウイルスゲノムの約1/10に対して完全またはほぼ完全な部位の除去が観察され,それらの約1/4に対して有意な過小表現が観察された。制限-修飾システムの認識部位の回避は広範であるが,原核生物ウイルスの普遍的な抗制限戦略ではない。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ゲノム ,  *原核生物 ,  一本鎖DNA ,  古細菌 ,  メチル化 ,  DNA制限酵素 ,  細菌 ,  温帯 ,  DNA【核酸】 ,  バクテリオファージ
準シソーラス用語： 二本鎖DNA ,  特異性 ,  DNA切断 ,  ウイルスゲノム ,  防衛 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 制限修飾システム ,  抗制限 ,  サイト回避 ,  組成バイアス ,  バクテリオファージ ,  古細菌ウイルス

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (37件)：

• Annu Rev Microbiol; Evolutionary genomics of defense Systems in Archaea and Bacteria; EV Koonin, KS Makarova, YI Wolf; 71; 2017; 233-261; 10.1146/annurev-micro-090816-093830; citation_id=CR1
• II Control over acceptance of DNA from infecting phage lambda J Mol Biol; Host specificity of DNA produced by Escherichia coli; D Dussoix, W Arber; 5; 1962; 37-49; citation_id=CR2
• Curr Opin Microbiol; The biology of restriction and anti-restriction; MR Tock, DT Dryden; 8; 2005; 466-472; 10.1016/j.mib.2005.06.003; citation_id=CR3
• Pleška M, Guet CC. Effects of mutations in phage restriction sites during escape from restriction-modification. Biol Lett 2017;13. pii: 20170646.
• Pathol Microbiol (Basel); Mutational loss of the B-specific restriction in bacteriophage fd; W Arber, U Kühnlein; 30; 1967; 946-952; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (6件)： 制限修飾系 ,  回避 ,  原核生物 ,  ウイルス ,  制限 ,  戦略