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J-GLOBAL ID：201902281610364451   整理番号：19A1529733

機械学習法による乳癌バイオマーカーとしてのmiRNAの検証【JST・京大機械翻訳】

Validation of miRNAs as Breast Cancer Biomarkers with a Machine Learning Approach

著者 (5件)： Rehman Oneeb (College of Engineering and Computer Science, Florida Atlantic University, Boca Raton, FL 33431, USA) ,  Zhuang Hanqi (College of Engineering and Computer Science, Florida Atlantic University, Boca Raton, FL 33431, USA) ,  Ali Ali Muhamed (College of Engineering and Computer Science, Florida Atlantic University, Boca Raton, FL 33431, USA) ,  Ibrahim Ali (College of Engineering and Computer Science, Florida Atlantic University, Boca Raton, FL 33431, USA) ,  Li Zhongwei (Charles E. Schmidt College of Medicine, Florida Atlantic University, Boca Raton, FL 33431, USA)
資料名： Cancers (Web)  (Cancers (Web))
巻： 11  号： 3  ページ： 431  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7153A  ISSN： 2072-6694  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ある種の小さな非コードマイクロRNA(miRNA)は正常組織および癌において特異的に発現され,それらは癌のバイオマーカーに対する大きな候補となる。以前に,miRNAの選択されたサブセットは,乳癌に関連することが実験的に検証されている。本論文では,miRNA発現データに関する機械学習アプローチを用いて,これらのmiRNAの重要性を検証した。これらの関連miRNAの集合に関して,情報利得(IG),カイ二乗(CHI2)および最小絶対値縮小および選択演算(LASSO)を用いて特徴選択を行い,それらを重要性によりランク付けした。次に,ランダムフォレスト(RF)とサポートベクトルマシン(SVM)分類器を用いた特徴として,これらのmiRNAを用いて癌分類を行った。著者らの結果は,著者らの分析によってランク付けされたmiRNAがより高い分類器性能を有することを示したmiRNAのランクが減少すると性能は低下し,これらのmiRNAがバイオマーカーとして異なる程度の重要性を有することを確認した。さらに,乳癌に対するバイオマーカーとして3個のmiRNAの最小値を用いることは,1800個のmiRNAの全セットを用いるのに有効であることを見出した。本研究は,機械学習が癌検出と診断のためのmiRNAの機能研究のための有用なツールであることを示唆する。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *バイオマーカー ,  *機械学習 ,  絶対値 ,  *腫瘍マーカー ,  特徴選択 ,  サポートベクトルマシン ,  等級づけ ,  演算 ,  *乳房腫瘍 ,  部分集合
準シソーラス用語： がん検出 ,  癌分類 ,  ランダムフォレスト ,  情報利得 ,  *マイクロRNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： miRNA ,  癌バイオマーカー ,  乳癌の検出 ,  機械学習 ,  特徴選択 ,  分類

分類 (1件)： 腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N)

引用文献 (21件)：

• He, L.; Hannon, G.J. MicroRNAs: Small RNAs with a big role in gene regulation. Nat. Rev. Genet. 2004, 5, 522-531.
• Calin, G.A.; Dumitru, C.D.; Shimizu, M.; Bichi, R.; Zupo, S.; Noch, E.; Aldler, H.; Rattan, S.; Keating, M.; Rai, K.; et al. Frequent deletions and down-regulation of micro- RNA genes miR15 and miR16 at 13q14 in chronic lymphocytic leukemia. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 15524-15529.
• [Green Version] McManus, M.T. MicroRNAs and cancer. Semin. Cancer Biol. 2003, 13, 253-258.
• Croce, C.M. Causes and consequences of microRNA dysregulation in cancer. Nat. Rev. Genet. 2009, 10, 704-714.
• Lu, J.; Getz, G.; Miska, E.A.; Alvarez-Saavedra, E.; Lamb, J.; Peck, D.; Sweet-Cordero, A.; Ebert, B.L.; Mak, R.H.; Ferrando, A.A.; et al. MicroRNA expression profiles classify human cancers. Nature 2005, 435, 834-838.

タイトルに関連する用語 (5件)： 機械学習 ,  乳癌 ,  バイオマーカー ,  miRNA ,  検証