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J-GLOBAL ID：201902281943219434   整理番号：19A2515703

膠芽腫における低酸素調節遺伝子ネットワークは特別な代数トポロジー構造を有し,Warburg効果と免疫調節を含むコミュニケーションを明らかにした【JST・京大機械翻訳】

Hypoxia Regulated Gene Network in Glioblastoma Has Special Algebraic Topology Structures and Revealed Communications Involving Warburg Effect and Immune Regulation

著者 (6件)： Mao Xing-gang (Department of Neurosurgery, Xijing Hospital, Fourth Military Medical University, Xi’an, Shaanxi, People’s Republic of China) ,  Xue Xiao-yan (Department of Pharmacology, School of Pharmacy, Fourth Military Medical University, Xi’an, Shaanxi, People’s Republic of China) ,  Wang Ling (State Key Laboratory for Manufacturing System Engineering, School of Mechanical Engineering, Xi’an Jiaotong University, Xi’an, People’s Republic of China) ,  Wang Liang (Department of Neurosurgery, Tangdu Hospital, Fourth Military Medical University, Xi’an, Shaanxi, People’s Republic of China) ,  Li Liang (Department of Neurosurgery, Xijing Hospital, Fourth Military Medical University, Xi’an, Shaanxi, People’s Republic of China) ,  Zhang Xiang (Department of Neurosurgery, Xijing Hospital, Fourth Military Medical University, Xi’an, Shaanxi, People’s Republic of China)
資料名： Cellular and Molecular Neurobiology  (Cellular and Molecular Neurobiology)
巻： 39  号： 8  ページ： 1093-1114  発行年： 2019年 
JST資料番号： W0158A  ISSN： 0272-4340  CODEN： CMNEDI  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 低酸素調節遺伝子(HRGs)は複雑な分子相互作用ネットワーク(MINW)を形成し,グリア芽細胞腫(GBM)腫瘍生物学の多くの側面に寄与している。しかし,主にMINWを解読するための解析ツールの欠如により,HRGs-MINWの固有構造についてはほとんど知られていない。一般的な超幾何学的分布を導入することによって,いくつかのデータセットからHRGs(SR-HRGs)の統計的に信頼できる遺伝子セットを得た。次に,MINWをいくつかの独立GBM発現データセットから再構成した。代数的トポロジー解析を行い,Betti数を計算することにより,種々の次元におけるサイクルの等価クラスの量を定量的に解析した。成長ネットワークのろ過の持続的な相同性解析を行い,サイクルの寿命長さを調べることにより,ネットワークにおけるロバストなトポロジー構造を調べた。同じ数のノードとエッジおよび程度分布を有するランダムネットワークを,制御として生成した。結果として,異なるデータセットから再構成されたGBM-HRGs-MINWは,互いに大きな一貫したBetti曲線を示し,ランダムネットワークのそれと著しく異なった。さらに,正常脳発現データセットから再構成されたHRGs-MINWは,GBM-HRGs-MINWと有意に異なるトポロジー構造を示した。GBM-HRGs-MINWにおけるサイクルの解析は,臨床的意味を有する遺伝子を明らかにし,また,サイクルの重要な部分は,再構築された蛋白質-蛋白質相互作用ネットワークにおいても同定された。加えて,サイクルはWarburg効果,免疫調節および血管新生に関与する遺伝子により構成されている。要約すると,GBM-HRGs-MINWは異なる次元で豊富な分子相互作用サイクルを含み,GBMの腫瘍形成に必須の複数のプログラムに関与する遺伝子により構成され,GBMにおける新しい相互作用ダイアグラムを明らかにし,新しい潜在的治療標的を提供する。Copyright 2019 Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer Nature Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *調節遺伝子 ,  分子間相互作用 ,  *膠芽腫 ,  相互作用 ,  *コミュニケーション ,  *代数学 ,  *ネットワーク ,  *位相幾何学 ,  ロバスト性 ,  再構成 ,  血管新生 ,  *遺伝子 ,  *酸素欠乏 ,  タンパク質
準シソーラス用語： 治療標的 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 蛋白質-蛋白質相互作用 ,  分子ネットワーク ,  相互情報 ,  次数分布 ,  Betti数 ,  永続的ホモロジー ,  薬剤耐性 ,  血管新生

分類 (5件)： 酵素製剤・酵素阻害剤の基礎研究  (GW21010W) ,  免疫反応一般  (ED03010T) ,  抗腫よう薬の基礎研究  (GW16010A) ,  代謝異常・栄養性疾患一般  (GD05010J) ,  酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (8件)： 膠芽腫 ,  低酸素 ,  調節遺伝子 ,  代数 ,  トポロジー ,  Warburg効果 ,  免疫調節 ,  コミュニケーション