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J-GLOBAL ID：201902282088547805   整理番号：19A2651506

小薬物様分子に対する実験的浸透係数データに対する試験による一般化力場GAFF,CGENFF,OPLS-AA,およびPRODRGFFの検証【JST・京大機械翻訳】

Validation of the Generalized Force Fields GAFF, CGenFF, OPLS-AA, and PRODRGFF by Testing Against Experimental Osmotic Coefficient Data for Small Drug-Like Molecules

著者 (1件)： Zhu Shun (Department of Cellular and Genetic Medicine, School of Basic Medical Sciences, Fudan University, P.R. China)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 59  号： 10  ページ： 4239-4247  発行年： 2019年 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質及び薬物に対する正確な力の場パラメータは,構造に基づく薬物設計における蛋白質-薬物結合姿勢及び結合自由エネルギーを予測するために基本的に重要である。浸透圧シミュレーションは,蛋白質のような生体分子に対する一般的な力の場を検証する手段として最近人気を得ている。しかし,現在まで,これらの方法を用いて小薬物様分子の一般的な力場を検証する努力はほとんどなされていない。本研究では,薬剤様分子に対する4つの一般的な力場を用いて浸透圧分子動力学シミュレーションから16種の薬物様分子の浸透圧係数を計算した:ガフ,CGenFF,OPLS-AAおよびPRODRGFF。GAFF,CGenFFおよびOPLS-AAは浸透圧係数を生み出したが,GROMOSパラメータを用いることを試みるPRODRGFFは良く一致する浸透圧係数を生み出した。全ての4つの力場はプリン,6-メチルプリン及びカフェインを含むプリン誘導分子の実験的浸透圧係数をほとんど再現せず,この特殊な分子型の相互作用を記述する共通の問題を示唆した。PRODRGFFの劣った全体的性能は,主に2つの大環状分子HMTとTATによる悪い結果に起因し,それはアルキル炭素のvan der Waals(vdW)パラメータを再パラメータ化し,より低い溶質濃度を用いることにより著しく改善できる。さらに,最近開発されたvdWパラメータを持つGAFF2は,GAFFよりも実験とわずかに良く一致する浸透圧係数を生成することが分かった。全体として,本研究で試験した薬物様分子に対する4つの一般的力場は,薬物様分子の実験的浸透圧係数の再現において合理的に良く機能したが,特定の分子に対する特定の力場の破壊は,特にvdWパラメータに対する更なる力場再パラメータ化がそれらの精度を改善するために必要であることを示唆した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *力の場 ,  相互作用 ,  溶質 ,  浸透圧 ,  シミュレーション ,  ドラッグデザイン ,  計算機シミュレーション ,  タンパク質 ,  パラメタリゼーション ,  ラクタム ,  中枢興奮薬 ,  ウレア化合物 ,  窒素複素環化合物
準シソーラス用語： 環状 ,  浸透圧係数 ,  分子動力学シミュレーション ,  生体分子 ,  結合自由エネルギー , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

物質索引 (2件)： カフェイン ,  プリン

タイトルに関連する用語 (6件)： 薬物 ,  分子 ,  実験 ,  浸透係数 ,  試験 ,  検証