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J-GLOBAL ID：201902282179585002   整理番号：19A1584759

ルーチン臨床微生物診断実験室で使用するための次世代シークエンシング(NGS)法の落とし穴とバイアスの理解と克服【JST・京大機械翻訳】

Understanding and overcoming the pitfalls and biases of next-generation sequencing (NGS) methods for use in the routine clinical microbiological diagnostic laboratory

著者 (3件)： Boers Stefan A. (Department of Medical Microbiology and Infectious Diseases, Erasmus University Medical Centre Rotterdam (Erasmus MC), Rotterdam, The Netherlands) ,  Jansen Ruud (Department of Molecular Biology, Regional Laboratory of Public Health Kennemerland, Haarlem, The Netherlands) ,  Hays John P. (Department of Medical Microbiology and Infectious Diseases, Erasmus University Medical Centre Rotterdam (Erasmus MC), Rotterdam, The Netherlands)
資料名： European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases  (European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases)
巻： 38  号： 6  ページ： 1059-1070  発行年： 2019年 
JST資料番号： T0158A  ISSN： 0934-9723  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代配列決定(NGS)における最近の進歩は,微生物群集の組成への現代の研究の基礎を提供した。これらのNGS法の使用により,培養非依存性戦略を用いた(培養困難な)微生物の検出と同定が可能になった。しかし,通常の臨床診断の分野では,NGSの応用は,微生物群集分析のためのNGSの実施が臨床的に重要な情報をもたらす可能性があるが,現在,疫学的目的のための微生物株のタイピングに限られている。NGS実装のこの欠如は,NGS法標準化と結果再現性に関連する問題を含む多くの異なる要因に起因する。本レビュー論文では,現在利用可能な最も広く使用されているNGS法(すなわち,標的化アンプリコン配列決定とショットガンメタゲノム)に対する一般的な紹介を提供し,各方法の長所と弱点を考察した。出版の焦点は16S rRNA遺伝子NGS法に向かってシフトし,現在最も費用対効果が高く,研究目的のために広く使用されているNGS法であり,したがって,短期間でルーチン臨床診断に成功裏に実装される可能性が高い。この点において,16S rRNA遺伝子NGSワークフローの各段階で生成された実験的落とし穴とバイアスを,それらの潜在的解と同様に説明した。最後に,この論文で説明された落とし穴,バイアス,および解を考慮することによって著者らによって開発された,新しい診断微生物相プロファイリングプラットフォーム(’MYcrob生物’)を紹介する。MYcrob生物の開発と将来のNGS方法論は,NGS方法論のルーチン臨床診断への成功裏の実施に向けて道を開く助けとなるであろう。Copyright 2019 The Author(s) Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *微生物 ,  標準化 ,  ワークフロー ,  rRNA遺伝子 ,  疫学 ,  *バイアス ,  培養 ,  ターゲティング ,  *診断
準シソーラス用語： アンプリコン ,  結果再現性 ,  臨床診断 ,  微生物コンソーシアム ,  *次世代シークエンシング ,  *ルーチン , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 日常臨床微生物診断 ,  Microbiota分析 ,  落とし穴とバイアス ,  16S rRNA遺伝子 ,  (ショットガン)メタゲノミクス ,  次世代シークエンシング

分類 (1件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

タイトルに関連する用語 (7件)： ルーチン ,  診断 ,  実験 ,  次世代シークエンシング ,  法 ,  バイアス ,  理解