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J-GLOBAL ID：201902282822848036   整理番号：19A0540748

RNA-Seqデータセットに基づくトランスクリプトームスプライスアルゴリズム【JST・京大機械翻訳】

De Novo Transcriptome Assembly Algorithm Based on RNA-Seq Datasets

著者 (3件)： Wu Siwen (天津師范大学計算机与信息工程学院 天津300387) ,  Li Jing (天津師范大学計算机与信息工程学院 天津300387) ,  Zhang Shaoqiang (天津師范大学計算机与信息工程学院 天津300387)
資料名： Jisuanji Kexue  (Jisuanji Kexue)
巻： 45  号： 12  ページ： 308-312  発行年： 2018年 
JST資料番号： C2530A  ISSN： 1002-137X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： トランスクリプトームスプライシングはゲノムシークエンシングと機能注釈問題の重要な構成部分である。トランスクリプトーム接続の精度と効率を改善するために,本論文は,新しいトランスクリプトームアルゴリズムStepLinkを提案した。このアルゴリズムの主な革新点は,最左k-mer(長さkの短順序)と右k-merの概念を提案し,二重ハッシュテーブルを用いて隣接したk-merを記憶し,より迅速で正確である。このアルゴリズムを用いて、SRAデータベースにおけるヒト、犬とマウスのシークエンシングデータに対してそれぞれスプライスを行い、その結果、このアルゴリズムは他の既存アルゴリズムより高効率であることが明らかになった。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アノテーション ,  データベース ,  *トランスクリプトーム ,  *アルゴリズム ,  ヒト ,  *RNA【核酸】 ,  ゲノム
準シソーラス用語： 高効率 ,  ハッシュテーブル ,  配列解析 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 計算機網  (JC03000K) ,  人工知能  (JE08000Z)

タイトルに関連する用語 (1件)： データセット